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1.
Can We Quickly Learn to "Translate" Bioactive Molecules with Transformer Models?
J Chem Inf Model
; 63(6): 1734-1744, 2023 03 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36914216
2.
TorsionNet: A Deep Neural Network to Rapidly Predict Small-Molecule Torsional Energy Profiles with the Accuracy of Quantum Mechanics.
J Chem Inf Model
; 62(4): 785-800, 2022 02 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35119861
3.
Comprehensive Assessment of Torsional Strain in Crystal Structures of Small Molecules and Protein-Ligand Complexes using ab Initio Calculations.
J Chem Inf Model
; 59(10): 4195-4208, 2019 10 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31573196
4.
Kinase hinge binding scaffolds and their hydrogen bond patterns.
Bioorg Med Chem
; 23(19): 6520-7, 2015 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26358279
5.
Scaffold mining of kinase hinge binders in crystal structure database.
J Comput Aided Mol Des
; 28(1): 13-23, 2014 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24375079
6.
Development and Comprehensive Benchmark of a High-Quality AMBER-Consistent Small Molecule Force Field with Broad Chemical Space Coverage for Molecular Modeling and Free Energy Calculation.
J Chem Theory Comput
; 20(2): 799-818, 2024 Jan 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38157475
7.
Fast and accurate generation of ab initio quality atomic charges using nonparametric statistical regression.
J Comput Chem
; 34(19): 1661-71, 2013 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23653432
8.
Low-data interpretable deep learning prediction of antibody viscosity using a biophysically meaningful representation.
Sci Rep
; 13(1): 2917, 2023 02 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36806303
9.
Exploring aromatic chemical space with NEAT: novel and electronically equivalent aromatic template.
J Chem Inf Model
; 52(5): 1114-23, 2012 May 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22486394
10.
Understanding the impact of the P-loop conformation on kinase selectivity.
J Chem Inf Model
; 51(6): 1199-204, 2011 Jun 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21568278
11.
Modeling G protein-coupled receptors for structure-based drug discovery using low-frequency normal modes for refinement of homology models: application to H3 antagonists.
Proteins
; 78(2): 457-73, 2010 Feb 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19787776
12.
M4T: a comparative protein structure modeling server.
Nucleic Acids Res
; 35(Web Server issue): W363-8, 2007 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17517764
13.
Comparative protein structure modeling by combining multiple templates and optimizing sequence-to-structure alignments.
Bioinformatics
; 23(19): 2558-65, 2007 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17823132
14.
Discovery and Lead Optimization of Atropisomer D1 Agonists with Reduced Desensitization.
J Med Chem
; 61(24): 11384-11397, 2018 12 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30431269
15.
MMM: a sequence-to-structure alignment protocol.
Bioinformatics
; 22(21): 2691-2, 2006 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16928737
16.
Multiple mapping method: a novel approach to the sequence-to-structure alignment problem in comparative protein structure modeling.
Proteins
; 63(3): 644-61, 2006 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16437570
17.
Single-atom test of all-atom empirical potentials: Fe in myoglobin.
J Phys Chem B
; 109(40): 18983-7, 2005 Oct 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16853444
18.
Chromatographic resolution of atropisomers for toxicity and biotransformation studies in pharmaceutical research.
J Chromatogr A
; 1398: 108-20, 2015 Jun 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25937130
19.
Iron normal mode dynamics in a porphyrin-imidazole model for deoxyheme proteins.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 66(5 Pt 1): 051904, 2002 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-12513520
20.
Structure-based druggability assessment--identifying suitable targets for small molecule therapeutics.
Curr Opin Chem Biol
; 15(4): 463-8, 2011 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21704549