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Template-Based Method for Conformation Generation and Scoring for Congeneric Series of Ligands.
J Chem Inf Model
; 59(6): 2690-2701, 2019 06 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31045363
2.
Estimation of relative free energies of binding using pre-computed ensembles based on the single-step free energy perturbation and the site-identification by Ligand competitive saturation approaches.
J Comput Chem
; 38(15): 1238-1251, 2017 06 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27782307
3.
Small-molecule inhibitors of ERK-mediated immediate early gene expression and proliferation of melanoma cells expressing mutated BRaf.
Biochem J
; 467(3): 425-38, 2015 May 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25695333
4.
Spatial analysis and quantification of the thermodynamic driving forces in protein-ligand binding: binding site variability.
J Am Chem Soc
; 137(7): 2608-21, 2015 Feb 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25625202
5.
Pharmacophore modeling using site-identification by ligand competitive saturation (SILCS) with multiple probe molecules.
J Chem Inf Model
; 55(2): 407-20, 2015 Feb 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25622696
6.
Mapping functional group free energy patterns at protein occluded sites: nuclear receptors and G-protein coupled receptors.
J Chem Inf Model
; 55(3): 700-8, 2015 Mar 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25692383
7.
Site-Identification by Ligand Competitive Saturation (SILCS) assisted pharmacophore modeling.
J Comput Aided Mol Des
; 28(5): 491-507, 2014 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24610239
8.
Inclusion of multiple fragment types in the site identification by ligand competitive saturation (SILCS) approach.
J Chem Inf Model
; 53(12): 3384-98, 2013 Dec 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24245913
9.
Rapid estimation of hydration thermodynamics of macromolecular regions.
J Chem Phys
; 139(5): 055105, 2013 Aug 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23927290
10.
Automation of the CHARMM General Force Field (CGenFF) II: assignment of bonded parameters and partial atomic charges.
J Chem Inf Model
; 52(12): 3155-68, 2012 Dec 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23145473
11.
Automated selection of compounds with physicochemical properties to maximize bioavailability and druglikeness.
J Chem Inf Model
; 51(1): 148-58, 2011 Jan 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21142079
12.
Reproducing crystal binding modes of ligand functional groups using Site-Identification by Ligand Competitive Saturation (SILCS) simulations.
J Chem Inf Model
; 51(4): 877-96, 2011 Apr 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21456594
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Molecular dynamics simulations of anti-aggregation effect of ibuprofen.
Biophys J
; 98(11): 2662-70, 2010 Jun 02.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20513411
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Binding of nonsteroidal anti-inflammatory drugs to Abeta fibril.
Proteins
; 78(13): 2849-60, 2010 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20635343
15.
Automated, Accurate, and Scalable Relative Protein-Ligand Binding Free-Energy Calculations Using Lambda Dynamics.
J Chem Theory Comput
; 16(12): 7895-7914, 2020 Dec 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33201701
16.
Molecular dynamics simulations of Ibuprofen binding to Abeta peptides.
Biophys J
; 97(7): 2070-9, 2009 Oct 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19804739
17.
Mechanical unbinding of abeta peptides from amyloid fibrils.
J Mol Biol
; 373(3): 785-800, 2007 Oct 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17868685
18.
Folding of tandem-linked domains.
Proteins
; 67(4): 795-810, 2007 Jun 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17380511
19.
Novel protein-inhibitor interactions in site 3 of Ca(2+)-bound S100B as discovered by X-ray crystallography.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 72(Pt 6): 753-60, 2016 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27303795
20.
Small Molecule Inhibitors of Ca(2+)-S100B Reveal Two Protein Conformations.
J Med Chem
; 59(2): 592-608, 2016 Jan 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26727270