Detalles de la búsqueda
1.
Examining DNA breathing with pyDNA-EPBD.
Bioinformatics
; 39(11)2023 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37991847
2.
The role of structural parameters in DNA cyclization.
BMC Bioinformatics
; 17: 68, 2016 Feb 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26846597
3.
Binding of nucleoid-associated protein fis to DNA is regulated by DNA breathing dynamics.
PLoS Comput Biol
; 9(1): e1002881, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23341768
4.
DNA breathing dynamics distinguish binding from nonbinding consensus sites for transcription factor YY1 in cells.
Nucleic Acids Res
; 40(20): 10116-23, 2012 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22904068
5.
Advancing Transcription Factor Binding Site Prediction Using DNA Breathing Dynamics and Sequence Transformers via Cross Attention.
bioRxiv
; 2024 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38293094
6.
Examining DNA Breathing with pyDNA-EPBD.
bioRxiv
; 2023 Sep 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37745370
7.
DNA dynamics play a role as a basal transcription factor in the positioning and regulation of gene transcription initiation.
Nucleic Acids Res
; 38(6): 1790-5, 2010 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20019064
8.
A nonlinear dynamic model of DNA with a sequence-dependent stacking term.
Nucleic Acids Res
; 37(7): 2405-10, 2009 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19264801
9.
Toward a detailed description of the thermally induced dynamics of the core promoter.
PLoS Comput Biol
; 5(3): e1000313, 2009 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19282962
10.
Pre-melting dynamics of DNA and its relation to specific functions.
J Phys Condens Matter
; 21(3): 034107, 2009 Jan 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21817252
11.
Ordering and reverse ordering mechanisms of triblock copolymers in the presence of solvent.
Int J Mol Sci
; 10(3): 805-816, 2009 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19399221
12.
Profiling the thermodynamic softness of adenoviral promoters.
Biophys J
; 95(2): 597-608, 2008 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18390611
13.
Opening rates of DNA hairpins: experiment and model.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 76(1 Pt 1): 011909, 2007 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17677496
14.
Evaluating the role of coherent delocalized phonon-like modes in DNA cyclization.
Sci Rep
; 7(1): 9731, 2017 08 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28851939
15.
Discrete nonlinear Schrödinger equations with arbitrarily high-order nonlinearities.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 74(1 Pt 2): 016607, 2006 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16907204
16.
DNA dynamically directs its own transcription initiation.
Nucleic Acids Res
; 32(4): 1584-90, 2004.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-15004245
17.
Allostery through protein-induced DNA bubbles.
Sci Rep
; 5: 9037, 2015 Mar 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25762409
18.
Statistical mechanics of general discrete nonlinear Schrödinger models: localization transition and its relevance for Klein-Gordon lattices.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 70(6 Pt 2): 066610, 2004 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-15697529
19.
Determination of the shear viscosity of the one-component plasma.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 90(3): 033105, 2014 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25314545
20.
Statistical mechanics of a discrete Schrödinger equation with saturable nonlinearity.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 87(4): 044901, 2013 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23679552