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1.
Molecular dynamics in multidimensional space explains how mutations affect the association path of neomycin to a riboswitch.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(15): e2317197121, 2024 Apr 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38579011
2.
Encounter complexes and hidden poses of kinase-inhibitor binding on the free-energy landscape.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(37): 18404-18409, 2019 09 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31451651
3.
Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein.
Biophys J
; 120(6): 1060-1071, 2021 03 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33484712
4.
Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons*.
Angew Chem Int Ed Engl
; 60(41): 22401-22410, 2021 10 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34121297
5.
Prediction of Protein-Ligand Binding Pose and Affinity Using the gREST+FEP Method.
J Chem Inf Model
; 60(11): 5382-5394, 2020 11 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32786707
6.
Population Shift Mechanism for Partial Agonism of AMPA Receptor.
Biophys J
; 116(1): 57-68, 2019 01 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30573176
7.
De Novo Prediction of Binders and Nonbinders for T4 Lysozyme by gREST Simulations.
J Chem Inf Model
; 59(9): 3879-3888, 2019 09 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31390205
8.
Dynamics and Interactions of OmpF and LPS: Influence on Pore Accessibility and Ion Permeability.
Biophys J
; 110(4): 930-8, 2016 Feb 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26910429
9.
Improved constrained optimization method for reaction-path determination in the generalized hybrid orbital quantum mechanical/molecular mechanical calculations.
J Chem Phys
; 138(4): 044106, 2013 Jan 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23387567
10.
Development of a GCN-based model to predict in vitro phototoxicity from the chemical structure and HOMO-LUMO gap.
J Toxicol Sci
; 48(5): 243-249, 2023.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37121739
11.
Structural dynamics of the N-terminal SH2 domain of PI3K in its free and CD28-bound states.
FEBS J
; 290(9): 2366-2378, 2023 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36282120
12.
Integration of pharmacoproteomic and computational approaches reveals the cellular signal transduction pathways affected by apatinib in gastric cancer cell lines.
Comput Struct Biotechnol J
; 21: 2172-2187, 2023.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37013003
13.
Confident identification of isomeric N-glycan structures by combined ion mobility mass spectrometry and hydrophilic interaction liquid chromatography.
Rapid Commun Mass Spectrom
; 26(24): 2877-84, 2012 Dec 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23136018
14.
Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules.
Curr Opin Struct Biol
; 72: 88-94, 2022 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34592697
15.
Practical Protocols for Efficient Sampling of Kinase-Inhibitor Binding Pathways Using Two-Dimensional Replica-Exchange Molecular Dynamics.
Front Mol Biosci
; 9: 878830, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35573746
16.
The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein.
Elife
; 112022 03 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35323112
17.
Selective covalent targeting of SARS-CoV-2 main protease by enantiopure chlorofluoroacetamide.
Chem Sci
; 13(10): 3027-3034, 2022 Mar 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35432850
18.
Structural diversity and changes in conformational equilibria of biantennary complex-type N-glycans in water revealed by replica-exchange molecular dynamics simulation.
Biophys J
; 101(10): L44-6, 2011 Nov 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22098756
19.
Geometrically associative yet electronically dissociative character in the transition state of enzymatic reversible phosphorylation.
J Comput Chem
; 32(2): 260-70, 2011 Jan 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20652880
20.
Glycan Cluster Shielding and Antibody Epitopes on Lassa Virus Envelop Protein.
J Phys Chem B
; 125(8): 2089-2097, 2021 03 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33606939