Detalles de la búsqueda
1.
PypKa server: online pKa predictions and biomolecular structure preparation with precomputed data from PDB and AlphaFold DB.
Nucleic Acids Res
; 2024 Apr 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38619040
2.
pKPDB: a protein data bank extension database of pKa and pI theoretical values.
Bioinformatics
; 38(1): 297-298, 2021 12 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34260689
3.
Optimization of an in Silico Protocol Using Probe Permeabilities to Identify Membrane Pan-Assay Interference Compounds.
J Chem Inf Model
; 62(12): 3034-3042, 2022 06 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35697029
4.
PypKa: A Flexible Python Module for Poisson-Boltzmann-Based pKa Calculations.
J Chem Inf Model
; 60(10): 4442-4448, 2020 10 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32857502
5.
Bioactivities of Centaurium erythraea (Gentianaceae) Decoctions: Antioxidant Activity, Enzyme Inhibition and Docking Studies.
Molecules
; 24(20)2019 Oct 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31652501
6.
A Fast and Interpretable Deep Learning Approach for Accurate Electrostatics-Driven pKa Predictions in Proteins.
J Chem Theory Comput
; 18(8): 5068-5078, 2022 Aug 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35837736
7.
Extending the Stochastic Titration CpHMD to CHARMM36m.
J Phys Chem B
; 126(40): 7870-7882, 2022 10 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36190807
8.
Antibody-Antigen Binding Interface Analysis in the Big Data Era.
Front Mol Biosci
; 9: 945808, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35911958
9.
pK a Calculations in Membrane Proteins from Molecular Dynamics Simulations.
Methods Mol Biol
; 2315: 185-195, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34302677
10.
Identification of Pan-Assay INterference compoundS (PAINS) Using an MD-Based Protocol.
Methods Mol Biol
; 2315: 263-271, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34302681
11.
A pH Replica Exchange Scheme in the Stochastic Titration Constant-pH MD Method.
J Chem Theory Comput
; 15(5): 3108-3116, 2019 May 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30908045
12.
Role of Counterions in Constant-pH Molecular Dynamics Simulations of PAMAM Dendrimers.
ACS Omega
; 3(2): 2001-2009, 2018 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30023821
13.
The Impact of Using Single Atomistic Long-Range Cutoff Schemes with the GROMOS 54A7 Force Field.
J Chem Theory Comput
; 14(11): 5823-5833, 2018 Nov 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30354115
14.
pK(a) Values of Titrable Amino Acids at the Water/Membrane Interface.
J Chem Theory Comput
; 12(3): 930-4, 2016 Mar 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26863409
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