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1.
Tripeptide loop closure: A detailed study of reconstructions based on Ramachandran distributions.
Proteins
; 90(3): 858-868, 2022 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34783395
2.
Mobility and Core-Protein Binding Patterns of Disordered C-Terminal Tails in ß-Tubulin Isotypes.
Biochemistry
; 56(12): 1746-1756, 2017 03 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28290671
3.
Hybridizing rapidly exploring random trees and basin hopping yields an improved exploration of energy landscapes.
J Comput Chem
; 37(8): 739-52, 2016 Mar 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26714673
4.
Investigating the Structural Variability and Binding Modes of the Glioma Targeting NFL-TBS.40-63 Peptide on Tubulin.
Biochemistry
; 54(23): 3660-9, 2015 Jun 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26016807
5.
Conformational ensembles and sampled energy landscapes: Analysis and comparison.
J Comput Chem
; 36(16): 1213-31, 2015 Jun 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25994596
6.
Building Biological Relevance Into Integrative Modelling of Macromolecular Assemblies.
Front Mol Biosci
; 9: 826136, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35480882
7.
Modeling Perturbations in Protein Filaments at the Micro and Meso Scale Using NAMD and PTools/Heligeom.
Bio Protoc
; 11(14): e4097, 2021 Jul 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34395733
8.
Side-chain rotamer transitions at protein-protein interfaces.
Proteins
; 78(15): 3219-25, 2010 Nov 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20737439
9.
How does heparin prevent the pH inactivation of cathepsin B? Allosteric mechanism elucidated by docking and molecular dynamics.
BMC Genomics
; 11 Suppl 5: S5, 2010 Dec 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21210971
10.
Role of nucleic acid binding in Sir3p-dependent interactions with chromatin fibers.
Biochemistry
; 48(2): 276-88, 2009 Jan 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19099415
11.
Disulfide bond substitution by directed evolution in an engineered binding protein.
Chembiochem
; 10(8): 1349-59, 2009 May 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19415706
12.
Normal mode analysis as a prerequisite for drug design: application to matrix metalloproteinases inhibitors.
FEBS Lett
; 580(22): 5130-6, 2006 Oct 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16962102
13.
Integrating three views of Arf1 activation dynamics.
J Mol Biol
; 337(4): 969-83, 2004 Apr 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-15033364
14.
Changes in protein structure at the interface accompanying complex formation.
IUCrJ
; 2(Pt 6): 643-52, 2015 Nov 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26594372
15.
An integrative approach to the study of filamentous oligomeric assemblies, with application to RecA.
PLoS One
; 10(3): e0116414, 2015.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25785454
16.
Differential core histone binding behavior: RNA polymerase I promoter region vs 5S rDNA positioning DNA sequences.
Cell Biochem Biophys
; 37(1): 1-13, 2002.
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| MEDLINE | ID: mdl-12398413
17.
Reassessing buried surface areas in protein-protein complexes.
Protein Sci
; 22(10): 1453-7, 2013 Oct.
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| MEDLINE | ID: mdl-23934783
18.
Free Energy Profiles along Consensus Normal Modes Provide Insight into HIV-1 Protease Flap Opening.
J Chem Theory Comput
; 7(8): 2348-52, 2011 Aug 09.
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| MEDLINE | ID: mdl-26606609
19.
Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology.
J Mol Biol
; 414(2): 289-302, 2011 Nov 25.
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| MEDLINE | ID: mdl-22001016
20.
A computational study of a recreated G protein-GEF reaction intermediate competent for nucleotide exchange: fate of the Mg ion.
PLoS One
; 5(2): e9142, 2010 Feb 18.
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| MEDLINE | ID: mdl-20174625