Detalles de la búsqueda
1.
Assessment of Embedding Schemes in a Hybrid Machine Learning/Classical Potentials (ML/MM) Approach.
J Chem Inf Model
; 64(10): 4047-4058, 2024 May 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38710065
2.
Novel Lennard-Jones Parameters for Cysteine and Selenocysteine in the AMBER Force Field.
J Chem Inf Model
; 63(2): 595-604, 2023 01 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36630702
3.
Non-adiabatic Excited-State Molecular Dynamics: Theory and Applications for Modeling Photophysics in Extended Molecular Materials.
Chem Rev
; 120(4): 2215-2287, 2020 02 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32040312
4.
Exploring Coupled Redox and pH Processes with a Force-Field-Based Approach: Applications to Five Different Systems.
J Am Chem Soc
; 142(8): 3823-3835, 2020 02 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32011132
5.
TorchANI: A Free and Open Source PyTorch-Based Deep Learning Implementation of the ANI Neural Network Potentials.
J Chem Inf Model
; 60(7): 3408-3415, 2020 07 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32568524
6.
The generalized Boltzmann distribution is the only distribution in which the Gibbs-Shannon entropy equals the thermodynamic entropy.
J Chem Phys
; 151(3): 034113, 2019 Jul 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31325924
7.
A Coupled Ionization-Conformational Equilibrium Is Required To Understand the Properties of Ionizable Residues in the Hydrophobic Interior of Staphylococcal Nuclease.
J Am Chem Soc
; 140(5): 1639-1648, 2018 02 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29308643
8.
Probing the Structures of Solvent-Complexed Ions Formed in Electrospray Ionization Using Cryogenic Infrared Photodissociation Spectroscopy.
J Phys Chem A
; 122(37): 7427-7436, 2018 Sep 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30126276
9.
Cation-Dependent Conformations in 25-Hydroxyvitamin D3-Cation Adducts Measured by Ion Mobility-Mass Spectrometry and Theoretical Modeling.
Int J Mass Spectrom
; 432: 1-8, 2018 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30034270
10.
Redox potential replica exchange molecular dynamics at constant pH in AMBER: Implementation and validation.
J Chem Phys
; 149(7): 072338, 2018 Aug 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30134669
11.
Less is more: Sampling chemical space with active learning.
J Chem Phys
; 148(24): 241733, 2018 Jun 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29960353
12.
Interpretation of pH-activity profiles for acid-base catalysis from molecular simulations.
Biochemistry
; 54(6): 1307-13, 2015 Feb 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25615525
13.
Dynamics of Energy Transfer in a Conjugated Dendrimer Driven by Ultrafast Localization of Excitations.
J Am Chem Soc
; 137(36): 11637-44, 2015 Sep 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26122872
14.
Nonadiabatic excited-state molecular dynamics: modeling photophysics in organic conjugated materials.
Acc Chem Res
; 47(4): 1155-64, 2014 Apr 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24673100
15.
Applicability of fluorescence-based sensors to the determination of kinetic parameters for O2 in oxygenases.
Anal Biochem
; 475: 53-5, 2015 Apr 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-25637681
16.
Insights into the mechanism of oxidation of dihydroorotate to orotate catalysed by human class 2 dihydroorotate dehydrogenase: a QM/MM free energy study.
Phys Chem Chem Phys
; 17(27): 17790-6, 2015 Jul 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26087682
17.
On the analysis and comparison of conformer-specific essential dynamics upon ligand binding to a protein.
J Chem Phys
; 142(24): 245101, 2015 Jun 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26133456
18.
Hydrophobic effect drives oxygen uptake in myoglobin via histidine E7.
J Biol Chem
; 288(9): 6754-62, 2013 Mar 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23297402
19.
Kinetics and computational studies of ligand migration in nitrophorin 7 and its Δ1-3 mutant.
Biochim Biophys Acta
; 1834(9): 1711-21, 2013 Sep.
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| MEDLINE | ID: mdl-23624263
20.
Free-energy computations identify the mutations required to confer trans-sialidase activity into Trypanosoma rangeli sialidase.
Proteins
; 82(3): 424-35, 2014 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23999862