Detalles de la búsqueda
1.
Kinase Interaction Network Expands Functional and Disease Roles of Human Kinases.
Mol Cell
; 79(3): 504-520.e9, 2020 08 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32707033
2.
OpenMS 3 enables reproducible analysis of large-scale mass spectrometry data.
Nat Methods
; 21(3): 365-367, 2024 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38366242
3.
DIAproteomics: A Multifunctional Data Analysis Pipeline for Data-Independent Acquisition Proteomics and Peptidomics.
J Proteome Res
; 20(7): 3758-3766, 2021 07 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34153189
4.
Isoform-resolved correlation analysis between mRNA abundance regulation and protein level degradation.
Mol Syst Biol
; 16(3): e9170, 2020 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32175694
5.
Lysine and Arginine Protein Post-translational Modifications by Enhanced DIA Libraries: Quantification in Murine Liver Disease.
J Proteome Res
; 19(10): 4163-4178, 2020 10 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32966080
6.
Statistical control of peptide and protein error rates in large-scale targeted data-independent acquisition analyses.
Nat Methods
; 14(9): 921-927, 2017 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28825704
7.
Complex-centric proteome profiling by SEC-SWATH-MS.
Mol Syst Biol
; 15(1): e8438, 2019 01 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30642884
8.
TRIC: an automated alignment strategy for reproducible protein quantification in targeted proteomics.
Nat Methods
; 13(9): 777-83, 2016 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27479329
9.
OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis.
Nat Methods
; 13(9): 741-8, 2016 08 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27575624
10.
Data-independent acquisition-based SWATH-MS for quantitative proteomics: a tutorial.
Mol Syst Biol
; 14(8): e8126, 2018 08 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30104418
11.
xTract: software for characterizing conformational changes of protein complexes by quantitative cross-linking mass spectrometry.
Nat Methods
; 12(12): 1185-90, 2015 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26501516
12.
Identification of a Set of Conserved Eukaryotic Internal Retention Time Standards for Data-independent Acquisition Mass Spectrometry.
Mol Cell Proteomics
; 14(10): 2800-13, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26199342
13.
Quantifying protein interaction dynamics by SWATH mass spectrometry: application to the 14-3-3 system.
Nat Methods
; 10(12): 1246-53, 2013 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24162925
14.
Efficient visualization of high-throughput targeted proteomics experiments: TAPIR.
Bioinformatics
; 31(14): 2415-7, 2015 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25788625
15.
DIANA--algorithmic improvements for analysis of data-independent acquisition MS data.
Bioinformatics
; 31(4): 555-62, 2015 Feb 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25348213
16.
Functional and structural properties of a novel protein and virulence factor (Protein sHIP) in Streptococcus pyogenes.
J Biol Chem
; 289(26): 18175-88, 2014 Jun 27.
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| MEDLINE | ID: mdl-24825900
17.
aLFQ: an R-package for estimating absolute protein quantities from label-free LC-MS/MS proteomics data.
Bioinformatics
; 30(17): 2511-3, 2014 Sep 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24753486
18.
N-glycoprotein SRMAtlas: a resource of mass spectrometric assays for N-glycosites enabling consistent and multiplexed protein quantification for clinical applications.
Mol Cell Proteomics
; 12(4): 1005-16, 2013 Apr.
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| MEDLINE | ID: mdl-23408683
19.
Network-based elucidation of colon cancer drug resistance mechanisms by phosphoproteomic time-series analysis.
Nat Commun
; 15(1): 3909, 2024 May 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38724493
20.
Network-centric analysis of co-fractionated protein complex profiles using SECAT.
STAR Protoc
; 4(2): 102293, 2023 May 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37182203