Detalles de la búsqueda
1.
Flap Dynamics in Pepsin-Like Aspartic Proteases: A Computational Perspective Using Plasmepsin-II and BACE-1 as Model Systems.
J Chem Inf Model
; 62(4): 914-926, 2022 02 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35138093
2.
Can MM/GBSA calculations be sped up by system truncation?
J Comput Chem
; 39(7): 361-372, 2018 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29178493
3.
Prediction of binding poses to FXR using multi-targeted docking combined with molecular dynamics and enhanced sampling.
J Comput Aided Mol Des
; 32(1): 59-73, 2018 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29052792
4.
Ligand-Binding Affinity Estimates Supported by Quantum-Mechanical Methods.
Chem Rev
; 116(9): 5520-66, 2016 05 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27077817
5.
How proteins modify water dynamics.
J Chem Phys
; 148(21): 215103, 2018 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29884055
6.
The spatial range of protein hydration.
J Chem Phys
; 148(21): 215104, 2018 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29884061
7.
The geometry of protein hydration.
J Chem Phys
; 148(21): 215101, 2018 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29884063
8.
Resolving the problem of trapped water in binding cavities: prediction of host-guest binding free energies in the SAMPL5 challenge by funnel metadynamics.
J Comput Aided Mol Des
; 31(1): 119-132, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27573983
9.
Converging ligand-binding free energies obtained with free-energy perturbations at the quantum mechanical level.
J Comput Chem
; 37(17): 1589-600, 2016 06 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27117350
10.
Binding affinities by alchemical perturbation using QM/MM with a large QM system and polarizable MM model.
J Comput Chem
; 36(28): 2114-24, 2015 Oct 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26280564
11.
Locating binding poses in protein-ligand systems using reconnaissance metadynamics.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 109(14): 5170-5, 2012 Apr 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22440749
12.
Coupled-cluster interaction energies for 200-atom host-guest systems.
Chemphyschem
; 15(15): 3270-81, 2014 Oct 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25262989
13.
Prediction of hydration free energies for the SAMPL4 data set with the AMOEBA polarizable force field.
J Comput Aided Mol Des
; 28(3): 235-44, 2014 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24577872
14.
Prediction of SAMPL4 host-guest binding affinities using funnel metadynamics.
J Comput Aided Mol Des
; 28(4): 443-54, 2014 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24535628
15.
Free-energy perturbation and quantum mechanical study of SAMPL4 octa-acid host-guest binding energies.
J Comput Aided Mol Des
; 28(4): 375-400, 2014 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24700414
16.
Comparison of MM/GBSA calculations based on explicit and implicit solvent simulations.
Phys Chem Chem Phys
; 15(20): 7731-9, 2013 May 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23595060
17.
Free-Energy Landscape and Rate Estimation of the Aromatic Ring Flips in Basic Pancreatic Trypsin Inhibitors Using Metadynamics.
J Chem Theory Comput
; 19(19): 6605-6618, 2023 Oct 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37698852
18.
Accurate predictions of nonpolar solvation free energies require explicit consideration of binding-site hydration.
J Am Chem Soc
; 133(33): 13081-92, 2011 Aug 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21728337
19.
Conformational dependence of charges in protein simulations.
J Comput Chem
; 30(5): 750-60, 2009 Apr 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18773405
20.
Calculation of protein-ligand interaction energies by a fragmentation approach combining high-level quantum chemistry with classical many-body effects.
J Phys Chem B
; 113(32): 11085-94, 2009 Aug 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19618955