Detalles de la búsqueda
1.
Intensity and retention time prediction improves the rescoring of protein-nucleic acid cross-links.
Proteomics
; 24(8): e2300144, 2024 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38629965
2.
Tissue-based absolute quantification using large-scale TMT and LFQ experiments.
Proteomics
; 23(20): e2300188, 2023 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37488995
3.
LFQ-Based Peptide and Protein Intensity Differential Expression Analysis.
J Proteome Res
; 22(6): 2114-2123, 2023 06 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37220883
4.
Unified and Standardized Mass Spectrometry Data Processing in Python Using spectrum_utils.
J Proteome Res
; 22(2): 625-631, 2023 02 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36688502
5.
Generation of ENSEMBL-based proteogenomics databases boosts the identification of non-canonical peptides.
Bioinformatics
; 38(5): 1470-1472, 2022 02 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34904638
6.
A Comprehensive Evaluation of Consensus Spectrum Generation Methods in Proteomics.
J Proteome Res
; 21(6): 1566-1574, 2022 06 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35549218
7.
OpenMS 3 enables reproducible analysis of large-scale mass spectrometry data.
Nat Methods
; 21(3): 365-367, 2024 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38366242
8.
OpenPepXL: An Open-Source Tool for Sensitive Identification of Cross-Linked Peptides in XL-MS.
Mol Cell Proteomics
; 19(12): 2157-2168, 2020 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33067342
9.
DIAproteomics: A Multifunctional Data Analysis Pipeline for Data-Independent Acquisition Proteomics and Peptidomics.
J Proteome Res
; 20(7): 3758-3766, 2021 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34153189
10.
The PRIDE database and related tools and resources in 2019: improving support for quantification data.
Nucleic Acids Res
; 47(D1): D442-D450, 2019 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30395289
11.
ThermoRawFileParser: Modular, Scalable, and Cross-Platform RAW File Conversion.
J Proteome Res
; 19(1): 537-542, 2020 01 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31755270
12.
EPIFANY: A Method for Efficient High-Confidence Protein Inference.
J Proteome Res
; 19(3): 1060-1072, 2020 03 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31975601
13.
SmartPeak Automates Targeted and Quantitative Metabolomics Data Processing.
Anal Chem
; 92(24): 15968-15974, 2020 12 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33269929
14.
MHCquant: Automated and Reproducible Data Analysis for Immunopeptidomics.
J Proteome Res
; 18(11): 3876-3884, 2019 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31589052
15.
mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics.
Anal Chem
; 91(5): 3302-3310, 2019 03 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30688441
16.
OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis.
Nat Methods
; 13(9): 741-8, 2016 08 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27575624
17.
Expanding the Use of Spectral Libraries in Proteomics.
J Proteome Res
; 17(12): 4051-4060, 2018 12 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30270626
18.
BioContainers: an open-source and community-driven framework for software standardization.
Bioinformatics
; 33(16): 2580-2582, 2017 Aug 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28379341
19.
Differential Enzymatic 16O/18O Labeling for the Detection of Cross-Linked Nucleic Acid-Protein Heteroconjugates.
Anal Chem
; 89(21): 11208-11213, 2017 11 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28885003
20.
Photo-cross-linking and high-resolution mass spectrometry for assignment of RNA-binding sites in RNA-binding proteins.
Nat Methods
; 11(10): 1064-70, 2014 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25173706