Detalles de la búsqueda
1.
Stepwise Promoter Melting by Bacterial RNA Polymerase.
Mol Cell
; 78(2): 275-288.e6, 2020 04 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32160514
2.
Structural origins of Escherichia coli RNA polymerase open promoter complex stability.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(40)2021 10 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34599106
3.
Time-resolved cryo-EM using Spotiton.
Nat Methods
; 17(9): 897-900, 2020 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32778833
4.
Early intermediates in bacterial RNA polymerase promoter melting visualized by time-resolved cryo-electron microscopy.
bioRxiv
; 2024 Mar 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38559232
5.
One-step DNA melting in the RNA polymerase cleft opens the initiation bubble to form an unstable open complex.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 107(23): 10418-23, 2010 Jun 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20483995
6.
Native Mass Spectrometry-Based Screening for Optimal Sample Preparation in Single-Particle Cryo-EM.
Structure
; 29(2): 186-195.e6, 2021 02 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33217329
7.
Probing DNA binding, DNA opening, and assembly of a downstream clamp/jaw in Escherichia coli RNA polymerase-lambdaP(R) promoter complexes using salt and the physiological anion glutamate.
Biochemistry
; 49(20): 4361-73, 2010 May 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20201585
8.
Transcription initiation in mycobacteria: a biophysical perspective.
Transcription
; 11(2): 53-65, 2020 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31880185
9.
Interactions of the osmolyte glycine betaine with molecular surfaces in water: thermodynamics, structural interpretation, and prediction of m-values.
Biochemistry
; 48(43): 10372-9, 2009 Nov 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19757837
10.
Protein surface salt bridges and paths for DNA wrapping.
Curr Opin Struct Biol
; 12(3): 311-9, 2002 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-12127449
11.
Structure and function of the mycobacterial transcription initiation complex with the essential regulator RbpA.
Elife
; 62017 01 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28067618
12.
Kinetic studies and structural models of the association of E. coli sigma(70) RNA polymerase with the lambdaP(R) promoter: large scale conformational changes in forming the kinetically significant intermediates.
J Mol Biol
; 319(3): 649-71, 2002 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-12054861
13.
Mechanism of bacterial transcription initiation: RNA polymerase - promoter binding, isomerization to initiation-competent open complexes, and initiation of RNA synthesis.
J Mol Biol
; 412(5): 754-71, 2011 Oct 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21371479
14.
Nonspecific DNA binding and bending by HUαß: interfaces of the three binding modes characterized by salt-dependent thermodynamics.
J Mol Biol
; 410(2): 241-67, 2011 Jul 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21513716
15.
Rapid quench mixing to quantify kinetics of steps in association of Escherichia coli RNA polymerase with promoter DNA.
Methods Enzymol
; 370: 535-46, 2003.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-14712673
16.
Evidence for a tyrosine-adenine stacking interaction and for a short-lived open intermediate subsequent to initial binding of Escherichia coli RNA polymerase to promoter DNA.
J Mol Biol
; 385(2): 339-49, 2009 Jan 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18976666
17.
DNA binding mode transitions of Escherichia coli HU(alphabeta): evidence for formation of a bent DNA--protein complex on intact, linear duplex DNA.
J Mol Biol
; 383(2): 324-46, 2008 Nov 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18657548
18.
Formation of a wrapped DNA-protein interface: experimental characterization and analysis of the large contributions of ions and water to the thermodynamics of binding IHF to H' DNA.
J Mol Biol
; 377(1): 9-27, 2008 Mar 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18237740
19.
Late steps in the formation of E. coli RNA polymerase-lambda P R promoter open complexes: characterization of conformational changes by rapid [perturbant] upshift experiments.
J Mol Biol
; 376(4): 1034-47, 2008 Feb 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18191943
20.
Real-time footprinting of DNA in the first kinetically significant intermediate in open complex formation by Escherichia coli RNA polymerase.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 104(19): 7833-8, 2007 May 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17470797