Detalles de la búsqueda
1.
Stochastic dynamics of Type-I interferon responses.
PLoS Comput Biol
; 18(10): e1010623, 2022 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36269758
2.
PEtab-Interoperable specification of parameter estimation problems in systems biology.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008646, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33497393
3.
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models.
Mol Syst Biol
; 16(8): e9110, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32845085
4.
Piecewise parameter estimation for stochastic models in COPASI.
Bioinformatics
; 32(10): 1586-8, 2016 05 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26787664
5.
The pH-dependent lactose metabolism of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus: An integrative view through a mechanistic computational model.
J Biotechnol
; 374: 90-100, 2023 Sep 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37572793
6.
Inspecting the Solution Space of Genome-Scale Metabolic Models.
Metabolites
; 12(1)2022 Jan 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35050165
7.
Spatial modeling reveals nuclear phosphorylation and subcellular shuttling of YAP upon drug-induced liver injury.
Elife
; 112022 10 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36255405
8.
Accessible methods for the dynamic time-scale decomposition of biochemical systems.
Bioinformatics
; 25(21): 2816-23, 2009 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19633098
9.
SYCAMORE--a systems biology computational analysis and modeling research environment.
Bioinformatics
; 24(12): 1463-4, 2008 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18463116
10.
Computational modeling of biochemical networks using COPASI.
Methods Mol Biol
; 500: 17-59, 2009.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19399433
11.
Misinterpretation risks of global stochastic optimisation of kinetic models revealed by multiple optimisation runs.
Math Biosci
; 307: 25-32, 2019 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30414874
12.
Quantitative systems pharmacology of interferon alpha administration: A multi-scale approach.
PLoS One
; 14(2): e0209587, 2019.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30759154
13.
Robustness of frequency vs. amplitude coding of calcium oscillations during changing temperatures.
Biophys Chem
; 245: 17-24, 2019 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30529877
14.
The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core Release 2.
J Integr Bioinform
; 16(2)2019 Jun 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31219795
15.
SBML Level 3 package: Render, Version 1, Release 1.
J Integr Bioinform
; 15(1)2018 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29605822
16.
Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 3 (L1V3).
J Integr Bioinform
; 15(1)2018 Mar 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29550789
17.
The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core.
J Integr Bioinform
; 15(1)2018 Mar 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29522418
18.
A model diagram layout extension for SBML.
Bioinformatics
; 22(15): 1879-85, 2006 Aug 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16709586
19.
COPASI--a COmplex PAthway SImulator.
Bioinformatics
; 22(24): 3067-74, 2006 Dec 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17032683
20.
Minimum Information About a Simulation Experiment (MIASE).
PLoS Comput Biol
; 7(4): e1001122, 2011 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21552546