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1.
Unraveling the Role of Hydrogen Bonds in Thrombin via Two Machine Learning Methods.
J Chem Inf Model
; 63(12): 3705-3718, 2023 06 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37285464
2.
Impact of A2T and D23N mutations on C99 homodimer conformations.
J Chem Phys
; 157(8): 085102, 2022 Aug 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36050011
3.
Light Chain Mutation Effects on the Dynamics of Thrombin.
J Chem Inf Model
; 61(2): 950-965, 2021 02 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33450154
4.
Na+-binding modes involved in thrombin's allosteric response as revealed by molecular dynamics simulations, correlation networks and Markov modeling.
Phys Chem Chem Phys
; 21(8): 4320-4330, 2019 Feb 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30724273
5.
Influence of electric field on the amyloid-ß(29-42) peptides embedded in a membrane bilayer.
J Chem Phys
; 148(4): 045105, 2018 Jan 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29390813
6.
Binding Site Configurations Probe the Structure and Dynamics of the Zinc Finger of NEMO (NF-κB Essential Modulator).
Biochemistry
; 56(4): 623-633, 2017 01 31.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28035815
7.
Mechanistic insights into thrombin's switch between "slow" and "fast" forms.
Phys Chem Chem Phys
; 19(36): 24522-24533, 2017 Sep 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28849814
8.
All-atom MD indicates ion-dependent behavior of therapeutic DNA polymer.
Phys Chem Chem Phys
; 19(33): 22363-22374, 2017 Aug 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28805211
9.
Small static electric field strength promotes aggregation-prone structures in amyloid-ß(29-42).
J Chem Phys
; 146(14): 145101, 2017 Apr 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28411614
10.
Site-specific DNA-doxorubicin conjugates display enhanced cytotoxicity to breast cancer cells.
Bioconjug Chem
; 25(2): 406-13, 2014 Feb 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24450459
11.
Zn2+ selectively stabilizes FdU-substituted DNA through a unique major groove binding motif.
Nucleic Acids Res
; 39(10): 4490-8, 2011 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21296761
12.
Thrombin - A Molecular Dynamics Perspective.
Mini Rev Med Chem
; 2023 Aug 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37605420
13.
Electrostatics of cysteine residues in proteins: parameterization and validation of a simple model.
Proteins
; 80(11): 2583-91, 2012 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22777874
14.
Simulations suggest double sodium binding induces unexpected conformational changes in thrombin.
J Mol Model
; 28(5): 120, 2022 Apr 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35419655
15.
TREX1 as a Novel Immunotherapeutic Target.
Front Immunol
; 12: 660184, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33868310
16.
Small molecule induction of MSH2-dependent cell death suggests a vital role of mismatch repair proteins in cell death.
DNA Repair (Amst)
; 8(1): 103-13, 2009 Jan 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18955167
17.
Probing light chain mutation effects on thrombin via molecular dynamics simulations and machine learning.
J Biomol Struct Dyn
; 37(4): 982-999, 2019 Mar.
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| MEDLINE | ID: mdl-29471734
18.
Amyloid-ß(29-42) Dimeric Conformations in Membranes Rich in Omega-3 and Omega-6 Polyunsaturated Fatty Acids.
J Phys Chem B
; 123(12): 2687-2696, 2019 03 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30813725
19.
Functional site profiling and electrostatic analysis of cysteines modifiable to cysteine sulfenic acid.
Protein Sci
; 17(2): 299-312, 2008 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18227433
20.
The molecular mechanism of DNA damage recognition by MutS homologs and its consequences for cell death response.
Nucleic Acids Res
; 34(8): 2173-85, 2006.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16648361