Detalles de la búsqueda
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A new method for evaluating the specificity of indirect readout in protein-DNA recognition.
Nucleic Acids Res
; 40(17): e129, 2012 Sep 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22618872
2.
CCRXP: exploring clusters of conserved residues in protein structures.
Nucleic Acids Res
; 38(Web Server issue): W398-401, 2010 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20457748
3.
Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins.
BMC Bioinformatics
; 12 Suppl 13: S5, 2011.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22373260
4.
Analysis of electric moments of RNA-binding proteins: implications for mechanism and prediction.
BMC Struct Biol
; 11: 8, 2011 Feb 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21284850
5.
Genetic algorithm optimization in drug design QSAR: Bayesian-regularized genetic neural networks (BRGNN) and genetic algorithm-optimized support vectors machines (GA-SVM).
Mol Divers
; 15(1): 269-89, 2011 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20306130
6.
A generalized conformational energy function of DNA derived from molecular dynamics simulations.
Nucleic Acids Res
; 37(20): e135, 2009 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19729512
7.
Proteochemometric recognition of stable kinase inhibition complexes using topological autocorrelation and support vector machines.
J Chem Inf Model
; 50(6): 1179-88, 2010 Jun 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20524632
8.
Protein-DNA interactions: structural, thermodynamic and clustering patterns of conserved residues in DNA-binding proteins.
Nucleic Acids Res
; 36(18): 5922-32, 2008 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18801847
9.
Indirect readout in drug-DNA recognition: role of sequence-dependent DNA conformation.
Nucleic Acids Res
; 36(2): 376-86, 2008 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18039704
10.
A signature-based method for indexing cell cycle phase distribution from microarray profiles.
BMC Genomics
; 10: 137, 2009 Mar 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19331659
11.
MHC class II DR classification based on antigen-binding groove natural selection.
Biochem Biophys Res Commun
; 385(2): 137-42, 2009 Jul 24.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19422791
12.
Prediction of mono- and di-nucleotide-specific DNA-binding sites in proteins using neural networks.
BMC Struct Biol
; 9: 30, 2009 May 13.
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| MEDLINE | ID: mdl-19439068
13.
Evaluation of DNA intramolecular interactions for nucleosome positioning in yeast.
Genome Inform
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Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20180258
14.
Sequence-dependent DNA deformability studied using molecular dynamics simulations.
Nucleic Acids Res
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Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17766249
15.
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs.
FEBS Lett
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18358843
16.
DeltaG-based prediction and experimental confirmation of SYCRP1-binding sites on the Synechocystis genome.
FEBS J
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| MEDLINE | ID: mdl-18761670
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ReadOut: structure-based calculation of direct and indirect readout energies and specificities for protein-DNA recognition.
Nucleic Acids Res
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| MEDLINE | ID: mdl-16844974
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ProTherm and ProNIT: thermodynamic databases for proteins and protein-nucleic acid interactions.
Nucleic Acids Res
; 34(Database issue): D204-6, 2006 Jan 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16381846
19.
Classification of protein-DNA complexes based on structural descriptors.
Structure
; 14(9): 1355-67, 2006 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16962967
20.
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site.
BMC Bioinformatics
; 8: 318, 2007 Aug 30.
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| MEDLINE | ID: mdl-17760957