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1.
Amyloid-ß peptide dimers undergo a random coil to ß-sheet transition in the aqueous phase but not at the neuronal membrane.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(39)2021 09 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34544868
2.
Distinct dynamics and interaction patterns in H- and K-Ras oncogenic P-loop mutants.
Proteins
; 85(9): 1618-1632, 2017 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28498561
3.
Spatiotemporal Analysis of K-Ras Plasma Membrane Interactions Reveals Multiple High Order Homo-oligomeric Complexes.
J Am Chem Soc
; 139(38): 13466-13475, 2017 09 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28863262
4.
pMD-Membrane: A Method for Ligand Binding Site Identification in Membrane-Bound Proteins.
PLoS Comput Biol
; 11(10): e1004469, 2015 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26506102
5.
Intracellular crowding effects on the self-association of the bacterial cell division protein FtsZ.
Arch Biochem Biophys
; 564: 12-9, 2014 Dec 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25218002
6.
Investigation of Changes in Tetracycline Repressor Binding upon Mutations in the Tetracycline Operator.
J Chem Eng Data
; 59(10): 3167-3176, 2014 Oct 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25308994
7.
Aggregation behavior of ibuprofen, cholic acid and dodecylphosphocholine micelles.
Biochim Biophys Acta
; 1818(12): 3040-7, 2012 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22885171
8.
The role of conserved waters in conformational transitions of Q61H K-ras.
PLoS Comput Biol
; 8(2): e1002394, 2012.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22359497
9.
Investigating the effects of cysteine-118 oxidation on G12D KRas structure and dynamics: insights from MD simulations.
J Biomol Struct Dyn
; : 1-14, 2023 Jul 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37480262
10.
Comparative molecular dynamics simulations of pathogenic and non-pathogenic huntingtin protein monomers and dimers.
Front Mol Biosci
; 10: 1143353, 2023.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37101557
11.
Molecular simulations of IDPs: From ensemble generation to IDP interactions leading to disorder-to-order transitions.
Prog Mol Biol Transl Sci
; 183: 135-185, 2021.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34656328
12.
Structure and dynamics of cholic acid and dodecylphosphocholine-cholic acid aggregates.
Langmuir
; 26(16): 13407-14, 2010 Aug 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20695585
13.
Poisson-Nernst-Planck models of nonequilibrium ion electrodiffusion through a protegrin transmembrane pore.
PLoS Comput Biol
; 5(1): e1000277, 2009 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19180178
14.
How to make an undruggable enzyme druggable: lessons from ras proteins.
Adv Protein Chem Struct Biol
; 122: 181-202, 2020.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32951811
15.
Role of Oxidized Gly25, Gly29, and Gly33 Residues on the Interactions of Aß1-42 with Lipid Membranes.
ACS Chem Neurosci
; 11(4): 535-548, 2020 02 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31939658
16.
Conformational and Dynamical Effects of Tyr32 Phosphorylation in K-Ras: Molecular Dynamics Simulation and Markov State Models Analysis.
J Phys Chem B
; 123(36): 7667-7675, 2019 09 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31419909
17.
Hotspot Identification on Protein Surfaces Using Probe-Based MD Simulations: Successes and Challenges.
Curr Top Med Chem
; 18(27): 2278-2283, 2018.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30499401
18.
Transcriptional regulatory network refinement and quantification through kinetic modeling, gene expression microarray data and information theory.
BMC Bioinformatics
; 8: 20, 2007 Jan 23.
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| MEDLINE | ID: mdl-17244365
19.
Mixed-Probe Simulation and Probe-Derived Surface Topography Map Analysis for Ligand Binding Site Identification.
J Chem Theory Comput
; 13(4): 1851-1861, 2017 Apr 11.
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| MEDLINE | ID: mdl-28252958
20.
Computational and biochemical characterization of two partially overlapping interfaces and multiple weak-affinity K-Ras dimers.
Sci Rep
; 7: 40109, 2017 01 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28067274