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1.
webPSN v2.0: a webserver to infer fingerprints of structural communication in biomacromolecules.
Nucleic Acids Res
; 48(W1): W94-W103, 2020 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32427333
2.
WebPSN: a web server for high-throughput investigation of structural communication in biomacromolecules.
Bioinformatics
; 31(5): 779-81, 2015 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25355786
3.
Structure network analysis to gain insights into GPCR function.
Biochem Soc Trans
; 44(2): 613-8, 2016 Apr 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27068978
4.
Wordom update 2: A user-friendly program for the analysis of molecular structures and conformational ensembles.
Comput Struct Biotechnol J
; 21: 1390-1402, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36817953
5.
PSNtools for standalone and web-based structure network analyses of conformational ensembles.
Comput Struct Biotechnol J
; 20: 640-649, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35140884
6.
Wordom: a user-friendly program for the analysis of molecular structures, trajectories, and free energy surfaces.
J Comput Chem
; 32(6): 1183-94, 2011 Apr 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21387345
7.
Structural insights into retinitis pigmentosa from unfolding simulations of rhodopsin mutants.
FASEB J
; 24(9): 3196-209, 2010 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20395457
8.
Computational modeling of intramolecular and intermolecular communication in GPCRs.
Curr Protein Pept Sci
; 10(2): 173-85, 2009 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19355984
9.
Bulky side chains and non-native salt bridges slow down the folding of a cross-linked helical peptide: a combined molecular dynamics and time-resolved infrared spectroscopy study.
J Phys Chem B
; 113(13): 4435-42, 2009 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19256526
10.
Mechanisms of inter- and intramolecular communication in GPCRs and G proteins.
J Am Chem Soc
; 130(13): 4310-25, 2008 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18335928
11.
Wordom: a program for efficient analysis of molecular dynamics simulations.
Bioinformatics
; 23(19): 2625-7, 2007 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17717034
12.
Monomeric dark rhodopsin holds the molecular determinants for transducin recognition: insights from computational analysis.
FEBS Lett
; 581(5): 944-8, 2007 Mar 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17300784
13.
Small-Molecule Protein-Protein Interaction Inhibitor of Oncogenic Rho Signaling.
Cell Chem Biol
; 23(9): 1135-1146, 2016 Sep 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27593112
14.
Synthesis, screening, and molecular modeling of new potent and selective antagonists at the alpha 1d adrenergic receptor.
J Med Chem
; 47(8): 1900-18, 2004 Apr 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-15055991
15.
Quaternary structure predictions and structural communication features of GPCR dimers.
Prog Mol Biol Transl Sci
; 117: 105-42, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23663967
16.
A Mixed Protein Structure Network and Elastic Network Model Approach to Predict the Structural Communication in Biomolecular Systems: The PDZ2 Domain from Tyrosine Phosphatase 1E As a Case Study.
J Chem Theory Comput
; 9(5): 2504-18, 2013 May 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26583738
17.
Computational Screening of Rhodopsin Mutations Associated with Retinitis Pigmentosa.
J Chem Theory Comput
; 5(9): 2472-85, 2009 Sep 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26616627
18.
Sequential unfolding of individual helices of bacterioopsin observed in molecular dynamics simulations of extraction from the purple membrane.
Biophys J
; 91(9): 3276-84, 2006 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16861280
19.
Probing fragment complementation by rigid-body docking: in silico reconstitution of calbindin D9k.
J Chem Inf Model
; 45(5): 1429-38, 2005.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16180920
20.
Molecular dynamics simulations of the ligand-induced chemical information transfer in the 5-HT(1A) receptor.
J Chem Inf Comput Sci
; 43(5): 1520-31, 2003.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-14502486
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