Detalles de la búsqueda
1.
Single-cell transcriptome and accessible chromatin dynamics during endocrine pancreas development.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(26): e2201267119, 2022 06 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35733248
2.
GEOfetch: a command-line tool for downloading data and standardized metadata from GEO and SRA.
Bioinformatics
; 39(3)2023 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36857584
3.
excluderanges: exclusion sets for T2T-CHM13, GRCm39, and other genome assemblies.
Bioinformatics
; 39(4)2023 04 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37067481
4.
GenomicDistributions: fast analysis of genomic intervals with Bioconductor.
BMC Genomics
; 23(1): 299, 2022 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35413804
5.
IGD: high-performance search for large-scale genomic interval datasets.
Bioinformatics
; 37(1): 118-120, 2021 Apr 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33367484
6.
Embeddings of genomic region sets capture rich biological associations in lower dimensions.
Bioinformatics
; 37(23): 4299-4306, 2021 12 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34156475
7.
Refget: standardized access to reference sequences.
Bioinformatics
; 38(1): 299-300, 2021 12 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34260694
8.
Augmented Interval List: a novel data structure for efficient genomic interval search.
Bioinformatics
; 35(23): 4907-4911, 2019 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31150060
9.
Renin Cell Development: Insights From Chromatin Accessibility and Single-Cell Transcriptomics.
Circ Res
; 133(4): 369-371, 2023 08 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37395102
10.
LOLAweb: a containerized web server for interactive genomic locus overlap enrichment analysis.
Nucleic Acids Res
; 46(W1): W194-W199, 2018 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29878235
11.
Coloc-stats: a unified web interface to perform colocalization analysis of genomic features.
Nucleic Acids Res
; 46(W1): W186-W193, 2018 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29873782
12.
MIRA: an R package for DNA methylation-based inference of regulatory activity.
Bioinformatics
; 34(15): 2649-2650, 2018 08 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29506020
13.
BART: a transcription factor prediction tool with query gene sets or epigenomic profiles.
Bioinformatics
; 34(16): 2867-2869, 2018 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29608647
14.
ChIPmentation: fast, robust, low-input ChIP-seq for histones and transcription factors.
Nat Methods
; 12(10): 963-965, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26280331
15.
The accessible chromatin landscape of the human genome.
Nature
; 489(7414): 75-82, 2012 Sep 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22955617
16.
LOLA: enrichment analysis for genomic region sets and regulatory elements in R and Bioconductor.
Bioinformatics
; 32(4): 587-9, 2016 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26508757
17.
Patterns of regulatory activity across diverse human cell types predict tissue identity, transcription factor binding, and long-range interactions.
Genome Res
; 23(5): 777-88, 2013 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23482648
18.
Predicting cell-type-specific gene expression from regions of open chromatin.
Genome Res
; 22(9): 1711-22, 2012 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22955983
19.
Extensive evolutionary changes in regulatory element activity during human origins are associated with altered gene expression and positive selection.
PLoS Genet
; 8(6): e1002789, 2012 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22761590
20.
Open chromatin defined by DNaseI and FAIRE identifies regulatory elements that shape cell-type identity.
Genome Res
; 21(10): 1757-67, 2011 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21750106