Detalles de la búsqueda
1.
Coiled-coil domains are sufficient to drive liquid-liquid phase separation in protein models.
Biophys J
; 123(6): 703-717, 2024 Mar 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38356260
2.
Parameterization of General Organic Polymers within the Open Force Field Framework.
J Chem Inf Model
; 64(4): 1290-1305, 2024 Feb 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38303159
3.
Bayesian-Inference-Driven Model Parametrization and Model Selection for 2CLJQ Fluid Models.
J Chem Inf Model
; 62(4): 874-889, 2022 02 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35129974
4.
Identifying signatures of proteolytic stability and monomeric propensity in O-glycosylated insulin using molecular simulation.
J Comput Aided Mol Des
; 36(4): 313-328, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35507105
5.
The SAMPL6 SAMPLing challenge: assessing the reliability and efficiency of binding free energy calculations.
J Comput Aided Mol Des
; 34(5): 601-633, 2020 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31984465
6.
Configurational mapping significantly increases the efficiency of solid-solid phase coexistence calculations via molecular dynamics: Determining the FCC-HCP coexistence line of Lennard-Jones particles.
J Chem Phys
; 150(16): 164112, 2019 Apr 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31042900
7.
Uncertainty quantification confirms unreliable extrapolation toward high pressures for united-atom Mie λ-6 force field.
J Chem Phys
; 149(11): 114109, 2018 Sep 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30243285
8.
Using reweighting and free energy surface interpolation to predict solid-solid phase diagrams.
J Chem Phys
; 148(14): 144104, 2018 Apr 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29655343
9.
Overview of the SAMPL5 host-guest challenge: Are we doing better?
J Comput Aided Mol Des
; 31(1): 1-19, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27658802
10.
Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset.
J Comput Aided Mol Des
; 31(1): 147-161, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27787702
11.
Approaches for calculating solvation free energies and enthalpies demonstrated with an update of the FreeSolv database.
J Chem Eng Data
; 62(5): 1559-1569, 2017 May 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29056756
12.
Blind prediction of cyclohexane-water distribution coefficients from the SAMPL5 challenge.
J Comput Aided Mol Des
; 30(11): 927-944, 2016 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27677750
13.
Identifying Differences and Similarities in Static and Dynamic Contact Angles between Nanoscale and Microscale Textured Surfaces Using Molecular Dynamics Simulations.
Langmuir
; 31(29): 7980-90, 2015 Jul 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26110823
14.
Effects of polymer graft properties on protein adsorption and transport in ion exchange chromatography: a multiscale modeling study.
Langmuir
; 31(14): 4176-87, 2015 Apr 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25785668
15.
Guidelines for the analysis of free energy calculations.
J Comput Aided Mol Des
; 29(5): 397-411, 2015 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25808134
16.
Investigating the mutation resistance of nonnucleoside inhibitors of HIV-RT using multiple microsecond atomistic simulations.
Proteins
; 82(1): 130-44, 2014 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23775803
17.
GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit.
Bioinformatics
; 29(7): 845-54, 2013 Apr 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23407358
18.
Thermodynamics of coupled protein adsorption and stability using hybrid Monte Carlo simulations.
Langmuir
; 30(17): 4952-61, 2014 May 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24716898
19.
Converging free energies of binding in cucurbit[7]uril and octa-acid host-guest systems from SAMPL4 using expanded ensemble simulations.
J Comput Aided Mol Des
; 28(4): 401-15, 2014 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24610238
20.
Rationalizing diverse binding mechanisms to the same protein fold: insights for ligand recognition and biosensor design.
bioRxiv
; 2024 Mar 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38586024