Detalles de la búsqueda
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Atoms to Phenotypes: Molecular Design Principles of Cellular Energy Metabolism.
Cell
; 179(5): 1098-1111.e23, 2019 11 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31730852
2.
Characterization and computational simulation of human Syx, a RhoGEF implicated in glioblastoma.
FASEB J
; 36(7): e22378, 2022 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35639414
3.
Adaptive Ensemble Refinement of Protein Structures in High Resolution Electron Microscopy Density Maps with Radical Augmented Molecular Dynamics Flexible Fitting.
J Chem Inf Model
; 63(18): 5834-5846, 2023 09 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37661856
4.
Anionic Lipids Confine Cytochrome c2 to the Surface of Bioenergetic Membranes without Compromising Its Interaction with Redox Partners.
Biochemistry
; 61(5): 385-397, 2022 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35025510
5.
Exploring cryo-electron microscopy with molecular dynamics.
Biochem Soc Trans
; 50(1): 569-581, 2022 02 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35212361
6.
Inchworm movement of two rings switching onto a thread by biased Brownian diffusion represent a three-body problem.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(38): 9391-9396, 2018 09 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29735677
7.
Charge Transfer and Chemo-Mechanical Coupling in Respiratory Complex I.
J Am Chem Soc
; 142(20): 9220-9230, 2020 05 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32347721
8.
Flexible Fitting of Small Molecules into Electron Microscopy Maps Using Molecular Dynamics Simulations with Neural Network Potentials.
J Chem Inf Model
; 60(5): 2591-2604, 2020 05 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32207947
9.
Data-guided Multi-Map variables for ensemble refinement of molecular movies.
J Chem Phys
; 153(21): 214102, 2020 Dec 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33291927
10.
Scalable molecular dynamics on CPU and GPU architectures with NAMD.
J Chem Phys
; 153(4): 044130, 2020 Jul 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32752662
11.
Conserved methionine dictates substrate preference in Nramp-family divalent metal transporters.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(37): 10310-5, 2016 09 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27573840
12.
Biophysics at the dawn of exascale computers.
Biophys J
; 122(14): E1-E2, 2023 07 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37419113
13.
Constructing atomic structural models into cryo-EM densities using molecular dynamics - Pros and cons.
J Struct Biol
; 204(2): 319-328, 2018 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30092279
14.
Chemomechanical Coupling in Hexameric Protein-Protein Interfaces Harnesses Energy within V-Type ATPases.
J Am Chem Soc
; 139(1): 293-310, 2017 01 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27936329
15.
Advances in the molecular dynamics flexible fitting method for cryo-EM modeling.
Methods
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26804562
16.
Binding Site Recognition and Docking Dynamics of a Single Electron Transport Protein: Cytochrome c2.
J Am Chem Soc
; 138(37): 12077-89, 2016 09 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27508459
17.
Flexibility Coexists with Shape-Persistence in Cyanostar Macrocycles.
J Am Chem Soc
; 138(14): 4843-4851, 2016 Apr 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27014837
18.
Atomic Detail Visualization of Photosynthetic Membranes with GPU-Accelerated Ray Tracing.
Parallel Comput
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27274603
19.
Macromolecular Crystallography for Synthetic Abiological Molecules: Combining xMDFF and PHENIX for Structure Determination of Cyanostar Macrocycles.
J Am Chem Soc
; 137(27): 8810-8, 2015 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26121416
20.
xMDFF: molecular dynamics flexible fitting of low-resolution X-ray structures.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr
; 70(Pt 9): 2344-55, 2014 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25195748