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1.
Whole-Cell Models and Simulations in Molecular Detail.
Annu Rev Cell Dev Biol
; 35: 191-211, 2019 10 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31299173
2.
Molecular dynamics in multidimensional space explains how mutations affect the association path of neomycin to a riboswitch.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(15): e2317197121, 2024 Apr 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38579011
3.
Formation of extramembrane ß-strands controls dimerization of transmembrane helices in amyloid precursor protein C99.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(52): e2212207119, 2022 12 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36538482
4.
Deciphering the Multi-state Conformational Equilibrium of HDM2 in the Regulation of p53 Binding: Perspectives from Molecular Dynamics Simulation and NMR Analysis.
J Am Chem Soc
; 146(14): 9790-9800, 2024 Apr 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38549219
5.
SPANA: Spatial decomposition analysis for cellular-scale molecular dynamics simulations.
J Comput Chem
; 45(8): 498-505, 2024 Mar 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37966727
6.
Micelle-like clusters in phase-separated Nanog condensates: A molecular simulation study.
PLoS Comput Biol
; 19(7): e1011321, 2023 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37486948
7.
Similarity scores of vibrational spectra reveal the atomistic structure of pentapeptides in multiple basins.
Phys Chem Chem Phys
; 26(13): 9906-9914, 2024 Mar 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38477212
8.
Learning QM/MM potential using equivariant multiscale model.
J Chem Phys
; 160(21)2024 Jun 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38828815
9.
Structural and energetic analysis of metastable intermediate states in the E1P-E2P transition of Ca2+-ATPase.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(40)2021 10 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34593638
10.
Structural effects of spike protein D614G mutation in SARS-CoV-2.
Biophys J
; 122(14): 2910-2920, 2023 07 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36397671
11.
Acceleration of generalized replica exchange with solute tempering simulations of large biological systems on massively parallel supercomputer.
J Comput Chem
; 44(20): 1740-1749, 2023 07 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37141320
12.
Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images.
PLoS Comput Biol
; 18(12): e1010384, 2022 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36580448
13.
Implementation of residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations.
PLoS Comput Biol
; 18(4): e1009578, 2022 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35381009
14.
Towards de novo design of transmembrane α-helical assemblies using structural modelling and molecular dynamics simulation.
Phys Chem Chem Phys
; 25(5): 3595-3606, 2023 Feb 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36647771
15.
Allosteric regulation of ß-reaction stage I in tryptophan synthase upon the α-ligand binding.
J Chem Phys
; 158(11): 115101, 2023 Mar 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36948822
16.
Extension of the iSoLF implicit-solvent coarse-grained model for multicomponent lipid bilayers.
J Chem Phys
; 159(7)2023 Aug 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37581417
17.
Short disordered protein segment regulates cross-species transmission of a yeast prion.
Nat Chem Biol
; 16(7): 756-765, 2020 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32284601
18.
Modified Hamiltonian in FEP Calculations for Reducing the Computational Cost of Electrostatic Interactions.
J Chem Inf Model
; 62(11): 2846-2856, 2022 06 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35639709
19.
Protein folding intermediates on the dimensionality reduced landscape with UMAP and native contact likelihood.
J Chem Phys
; 157(7): 075101, 2022 Aug 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35987583
20.
Clustering and dynamics of crowded proteins near membranes and their influence on membrane bending.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(49): 24562-24567, 2019 12 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31740611