Detalles de la búsqueda
1.
PDBe: improved findability of macromolecular structure data in the PDB.
Nucleic Acids Res
; 48(D1): D335-D343, 2020 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31691821
2.
ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores.
Nucleic Acids Res
; 46(D1): D399-D405, 2018 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29036719
3.
MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update).
Nucleic Acids Res
; 46(W1): W368-W373, 2018 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29718451
4.
PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank.
Nucleic Acids Res
; 43(W1): W383-8, 2015 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26013810
5.
ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank.
Nucleic Acids Res
; 43(Database issue): D369-75, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25392418
6.
The Eighth Central European Conference "Chemistry towards Biology": Snapshot.
Molecules
; 21(10)2016 Oct 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27763518
7.
How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pKa Prediction?
J Chem Inf Model
; 55(6): 1088-97, 2015 Jun 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26010215
8.
Anatomy of enzyme channels.
BMC Bioinformatics
; 15: 379, 2014 Nov 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25403510
9.
MOLEonline 2.0: interactive web-based analysis of biomacromolecular channels.
Nucleic Acids Res
; 40(Web Server issue): W222-7, 2012 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22553366
10.
Charge profile analysis reveals that activation of pro-apoptotic regulators Bax and Bak relies on charge transfer mediated allosteric regulation.
PLoS Comput Biol
; 8(6): e1002565, 2012.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22719244
11.
Rapid calculation of accurate atomic charges for proteins via the electronegativity equalization method.
J Chem Inf Model
; 53(10): 2548-58, 2013 Oct 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23968236
12.
Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes.
J Chem Inf Model
; 51(8): 1795-806, 2011 Aug 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21761919
13.
Automated Family-Wide Annotation of Secondary Structure Elements.
Methods Mol Biol
; 1958: 47-71, 2019.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30945213
14.
Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 74(Pt 3): 237-244, 2018 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29533231
15.
Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 74(Pt 3): 228-236, 2018 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29533230
16.
Four simple recommendations to encourage best practices in research software.
F1000Res
; 62017.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28751965
17.
NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges.
J Cheminform
; 8: 57, 2016.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27803746
18.
Top 10 metrics for life science software good practices.
F1000Res
; 52016.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27635232
19.
High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications.
J Cheminform
; 7: 59, 2015.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26633997
20.
AtomicChargeCalculator: interactive web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug-like molecules.
J Cheminform
; 7: 50, 2015.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26500704