Detalles de la búsqueda
1.
Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset.
J Comput Aided Mol Des
; 31(1): 147-161, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27787702
2.
MDTraj: A Modern Open Library for the Analysis of Molecular Dynamics Trajectories.
Biophys J
; 109(8): 1528-32, 2015 Oct 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26488642
3.
Interpretation of pH-activity profiles for acid-base catalysis from molecular simulations.
Biochemistry
; 54(6): 1307-13, 2015 Feb 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25615525
4.
Erratum to: Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset.
J Comput Aided Mol Des
; 31(8): 777, 2017 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28752343
5.
Improved chemistry restraints for crystallographic refinement by integrating the Amber force field into Phenix.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 76(Pt 1): 51-62, 2020 Jan 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31909743
6.
pH-dependent mechanism of nitric oxide release in nitrophorins 2 and 4.
J Phys Chem B
; 113(4): 1192-201, 2009 Jan 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19159340
7.
Improved Accuracy for Constant pH-REMD Simulations through Modification of Carboxylate Effective Radii.
J Chem Theory Comput
; 13(10): 4624-4635, 2017 Oct 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28910090
8.
CHARMM-GUI Input Generator for NAMD, GROMACS, AMBER, OpenMM, and CHARMM/OpenMM Simulations Using the CHARMM36 Additive Force Field.
J Chem Theory Comput
; 12(1): 405-13, 2016 Jan 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26631602
9.
Constant pH Replica Exchange Molecular Dynamics in Explicit Solvent Using Discrete Protonation States: Implementation, Testing, and Validation.
J Chem Theory Comput
; 10(3): 1341-1352, 2014 Mar 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24803862
10.
Multidimensional Replica Exchange Molecular Dynamics Yields a Converged Ensemble of an RNA Tetranucleotide.
J Chem Theory Comput
; 10(1): 492-499, 2014 Jan 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24453949
11.
SPAM: A Simple Approach for Profiling Bound Water Molecules.
J Chem Theory Comput
; 9(12): 5539-49, 2013 Dec 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26592287
12.
Enhancing Conformation and Protonation State Sampling of Hen Egg White Lysozyme Using pH Replica Exchange Molecular Dynamics.
J Chem Theory Comput
; 8(11): 4393-404, 2012 Nov 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26605601
13.
MMPBSA.py: An Efficient Program for End-State Free Energy Calculations.
J Chem Theory Comput
; 8(9): 3314-21, 2012 Sep 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26605738
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