Detalles de la búsqueda
1.
Genome-Scale Metabolic Modeling of the Human Microbiome in the Era of Personalized Medicine.
Annu Rev Microbiol
; 75: 199-222, 2021 10 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34314593
2.
Systems biology elucidates the distinctive metabolic niche filled by the human gut microbe Eggerthella lenta.
PLoS Biol
; 21(5): e3002125, 2023 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37205710
3.
Cardinality optimization in constraint-based modelling: application to human metabolism.
Bioinformatics
; 39(9)2023 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37697651
4.
Circulating metabolites modulated by diet are associated with depression.
Mol Psychiatry
; 28(9): 3874-3887, 2023 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37495887
5.
Replication Protein A, the Main Eukaryotic Single-Stranded DNA Binding Protein, a Focal Point in Cellular DNA Metabolism.
Int J Mol Sci
; 25(1)2024 Jan 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38203759
6.
Microbiome Modelling Toolbox 2.0: efficient, tractable modelling of microbiome communities.
Bioinformatics
; 38(8): 2367-2368, 2022 04 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35157025
7.
MetaboAnnotator: an efficient toolbox to annotate metabolites in genome-scale metabolic reconstructions.
Bioinformatics
; 38(20): 4831-4832, 2022 10 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36047841
8.
A nutrition algorithm to optimize feed and medium composition using genome-scale metabolic models.
Metab Eng
; 76: 167-178, 2023 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36724839
9.
DEMETER: efficient simultaneous curation of genome-scale reconstructions guided by experimental data and refined gene annotations.
Bioinformatics
; 37(21): 3974-3975, 2021 11 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34473240
10.
Integration of a physiologically-based pharmacokinetic model with a whole-body, organ-resolved genome-scale model for characterization of ethanol and acetaldehyde metabolism.
PLoS Comput Biol
; 17(8): e1009110, 2021 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34351898
11.
Personalized whole-body models integrate metabolism, physiology, and the gut microbiome.
Mol Syst Biol
; 16(5): e8982, 2020 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32463598
12.
The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiome metabolism with nutrition and disease.
Nucleic Acids Res
; 47(D1): D614-D624, 2019 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30371894
13.
Parkinson's disease-associated alterations of the gut microbiome predict disease-relevant changes in metabolic functions.
BMC Biol
; 18(1): 62, 2020 06 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32517799
14.
Early-Life Adversity Leaves Its Imprint on the Oral Microbiome for More Than 20 Years and Is Associated with Long-Term Immune Changes.
Int J Mol Sci
; 22(23)2021 Nov 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34884490
15.
Methanogenic granule growth and development is a continual process characterized by distinct morphological features.
J Environ Manage
; 286: 112229, 2021 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33667821
16.
The Microbiome Modeling Toolbox: from microbial interactions to personalized microbial communities.
Bioinformatics
; 35(13): 2332-2334, 2019 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30462168
17.
Predicting gastrointestinal drug effects using contextualized metabolic models.
PLoS Comput Biol
; 15(6): e1007100, 2019 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31242176
18.
Dynamic genome-scale cell-specific metabolic models reveal novel inter-cellular and intra-cellular metabolic communications during ovarian follicle development.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 307, 2019 Jun 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31182013
19.
DistributedFBA.jl: high-level, high-performance flux balance analysis in Julia.
Bioinformatics
; 33(9): 1421-1423, 2017 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28453682
20.
CHRR: coordinate hit-and-run with rounding for uniform sampling of constraint-based models.
Bioinformatics
; 33(11): 1741-1743, 2017 Jun 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28158334