Búsqueda | Biblioteca Virtual en Salud

1.

Correction: Path Similarity Analysis: A Method for Quantifying Macromolecular Pathways.

Seyler, Sean L; Kumar, Avishek; Thorpe, M F; Beckstein, Oliver.

PLoS Comput Biol ; 15(6): e1007136, 2019 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-31206513

2.

A broader view on jamming: from spring networks to circle packings.

F Hagh, Varda; Corwin, Eric I; Stephenson, Kenneth; Thorpe, M F.

Soft Matter ; 15(15): 3076-3084, 2019 Apr 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-30919849

3.

Path Similarity Analysis: A Method for Quantifying Macromolecular Pathways.

Seyler, Sean L; Kumar, Avishek; Thorpe, M F; Beckstein, Oliver.

PLoS Comput Biol ; 11(10): e1004568, 2015 10.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26488417

4.

Partial unfolding and refolding for structure refinement: A unified approach of geometric simulations and molecular dynamics.

Kumar, Avishek; Campitelli, Paul; Thorpe, M F; Ozkan, S Banu.

Proteins ; 83(12): 2279-92, 2015 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26476100

5.

Rigidity loss in disordered systems: three scenarios.

Ellenbroek, Wouter G; Hagh, Varda F; Kumar, Avishek; Thorpe, M F; van Hecke, Martin.

Phys Rev Lett ; 114(13): 135501, 2015 Apr 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-25884127

6.

Collective dynamics differentiates functional divergence in protein evolution.

Glembo, Tyler J; Farrell, Daniel W; Gerek, Z Nevin; Thorpe, M F; Ozkan, S Banu.

PLoS Comput Biol ; 8(3): e1002428, 2012.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22479170

7.

Fast calculation of the infrared spectra of large biomolecules.

Mott, A J; Thirumuruganandham, S P; Thorpe, M F; Rez, P.

Eur Biophys J ; 42(11-12): 795-801, 2013 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24037120

8.

Protein unfolding under force: crack propagation in a network.

de Graff, Adam M R; Shannon, Gareth; Farrell, Daniel W; Williams, Philip M; Thorpe, M F.

Biophys J ; 101(3): 736-44, 2011 Aug 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21806942

9.

Comparison of pathways from the geometric targeting method and targeted molecular dynamics in nitrogen regulatory protein C.

Farrell, Daniel W; Lei, Ming; Thorpe, M F.

Phys Biol ; 8(2): 026017, 2011 Apr.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21471637

10.

Generating stereochemically acceptable protein pathways.

Farrell, Daniel W; Speranskiy, Kirill; Thorpe, M F.

Proteins ; 78(14): 2908-21, 2010 Nov 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20715289

11.

Flexibility of ideal zeolite frameworks.

Kapko, V; Dawson, C; Treacy, M M J; Thorpe, M F.

Phys Chem Chem Phys ; 12(30): 8531-41, 2010 Aug 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-20589266

12.

Hierarchical plasticity from pair distance fluctuations.

Menor, S A; de Graff, Adam M R; Thorpe, M F.

Phys Biol ; 6(3): 036017, 2009 Jul 14.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-19597264

13.

Fitting low-resolution cryo-EM maps of proteins using constrained geometric simulations.

Jolley, Craig C; Wells, Stephen A; Fromme, Petra; Thorpe, M F.

Biophys J ; 94(5): 1613-21, 2008 Mar 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17993504

14.

Comment on elastic network models and proteins.

Thorpe, M F.

Phys Biol ; 4(1): 60-3; discussion 64-5, 2007 Apr 03.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17406086

15.

Algorithms for three-dimensional rigidity analysis and a first-order percolation transition.

Chubynsky, M V; Thorpe, M F.

Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys ; 76(4 Pt 1): 041135, 2007 Oct.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17994964

16.

Ring correlations in random networks.

Sadjadi, Mahdi; Thorpe, M F.

Phys Rev E ; 94(6-1): 062304, 2016 Dec.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-28085390

17.

Constrained geometric simulation of diffusive motion in proteins.

Wells, Stephen; Menor, Scott; Hespenheide, Brandon; Thorpe, M F.

Phys Biol ; 2(4): S127-36, 2005 Nov 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16280618

18.

Protein flexibility using constraints from molecular dynamics simulations.

Mamonova, Tatyana; Hespenheide, Brandon; Straub, Rachel; Thorpe, M F; Kurnikova, Maria.

Phys Biol ; 2(4): S137-47, 2005 Nov 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16280619

19.

Mean-field conductivity in a certain class of networks.

Chubynsky, M V; Thorpe, M F.

Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys ; 71(5 Pt 2): 056105, 2005 May.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16089600

20.

Anchored boundary conditions for locally isostatic networks.

Theran, Louis; Nixon, Anthony; Ross, Elissa; Sadjadi, Mahdi; Servatius, Brigitte; Thorpe, M F.

Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys ; 92(5): 053306, 2015 Nov.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26651815

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