Detalles de la búsqueda
1.
High-performance single-cell gene regulatory network inference at scale: the Inferelator 3.0.
Bioinformatics
; 38(9): 2519-2528, 2022 04 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35188184
2.
Optimal tuning of weighted kNN- and diffusion-based methods for denoising single cell genomics data.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008569, 2021 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33411784
3.
A generalized framework for controlling FDR in gene regulatory network inference.
Bioinformatics
; 35(6): 1026-1032, 2019 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30169550
4.
LASSIM-A network inference toolbox for genome-wide mechanistic modeling.
PLoS Comput Biol
; 13(6): e1005608, 2017 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28640810
5.
Functional association networks as priors for gene regulatory network inference.
Bioinformatics
; 30(12): i130-8, 2014 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24931976
6.
Comparative interactomics with Funcoup 2.0.
Nucleic Acids Res
; 40(Database issue): D821-8, 2012 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22110034
7.
Structure-primed embedding on the transcription factor manifold enables transparent model architectures for gene regulatory network and latent activity inference.
Genome Biol
; 25(1): 24, 2024 Jan 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38238840
8.
Structure primed embedding on the transcription factor manifold enables transparent model architectures for gene regulatory network and latent activity inference.
bioRxiv
; 2023 Feb 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36778259
9.
Simultaneous estimation of gene regulatory network structure and RNA kinetics from single cell gene expression.
bioRxiv
; 2023 Sep 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37790443
10.
Knowledge of the perturbation design is essential for accurate gene regulatory network inference.
Sci Rep
; 12(1): 16531, 2022 10 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36192495
11.
Deriving disease modules from the compressed transcriptional space embedded in a deep autoencoder.
Nat Commun
; 11(1): 856, 2020 02 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32051402
12.
Uncovering cancer gene regulation by accurate regulatory network inference from uninformative data.
NPJ Syst Biol Appl
; 6(1): 37, 2020 11 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33168813
13.
Perturbation-based gene regulatory network inference to unravel oncogenic mechanisms.
Sci Rep
; 10(1): 14149, 2020 08 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32843692
14.
Correction to: A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases.
Genome Med
; 12(1): 37, 2020 04 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32345376
15.
A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases.
Genome Med
; 11(1): 47, 2019 07 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31358043
16.
GeneSPIDER - gene regulatory network inference benchmarking with controlled network and data properties.
Mol Biosyst
; 13(7): 1304-1312, 2017 Jun 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28485748
17.
Cancer network activity associated with therapeutic response and synergism.
Genome Med
; 8(1): 88, 2016 08 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27553366
18.
Avoiding pitfalls in L1-regularised inference of gene networks.
Mol Biosyst
; 11(1): 287-96, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25377664
19.
Optimal sparsity criteria for network inference.
J Comput Biol
; 20(5): 398-408, 2013 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23641867
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