Detalles de la búsqueda
1.
Unveiling microbial diversity: harnessing long-read sequencing technology.
Nat Methods
; 2024 Apr 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38689099
2.
Emu: species-level microbial community profiling of full-length 16S rRNA Oxford Nanopore sequencing data.
Nat Methods
; 19(7): 845-853, 2022 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35773532
3.
Parsnp 2.0: Scalable Core-Genome alignment for massive microbial datasets.
Bioinformatics
; 2024 May 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38724243
4.
SARS-CoV-2 genomic diversity and the implications for qRT-PCR diagnostics and transmission.
Genome Res
; 31(4): 635-644, 2021 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33602693
5.
Bakdrive: identifying a minimum set of bacterial species driving interactions across multiple microbial communities.
Bioinformatics
; 39(39 Suppl 1): i47-i56, 2023 06 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37387148
6.
Minmers are a generalization of minimizers that enable unbiased local Jaccard estimation.
Bioinformatics
; 39(9)2023 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37603771
7.
Categorizing Sequences of Concern by Function To Better Assess Mechanisms of Microbial Pathogenesis.
Infect Immun
; 90(5): e0033421, 2022 05 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34780277
8.
To Petabytes and beyond: recent advances in probabilistic and signal processing algorithms and their application to metagenomics.
Nucleic Acids Res
; 48(10): 5217-5234, 2020 06 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32338745
9.
Fecal Microbiota Transplantation Derived from Alzheimer's Disease Mice Worsens Brain Trauma Outcomes in Wild-Type Controls.
Int J Mol Sci
; 23(9)2022 Apr 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35562867
10.
Metagenomic assembly through the lens of validation: recent advances in assessing and improving the quality of genomes assembled from metagenomes.
Brief Bioinform
; 20(4): 1140-1150, 2019 07 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28968737
11.
Repetitive DNA and next-generation sequencing: computational challenges and solutions.
Nat Rev Genet
; 13(1): 36-46, 2011 Nov 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22124482
12.
GAGE: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms.
Genome Res
; 22(3): 557-67, 2012 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22147368
13.
You can't always sequence your way out of a tight spot: Next-generation sequencing holds great promise for pathogen detection, but the devil is in the details.
EMBO Rep
; 19(12)2018 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30467235
14.
Automated ensemble assembly and validation of microbial genomes.
BMC Bioinformatics
; 15: 126, 2014 May 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24884846
15.
Horizontal transfer, not duplication, drives the expansion of protein families in prokaryotes.
PLoS Genet
; 7(1): e1001284, 2011 Jan 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21298028
16.
KombOver: Efficient k-core and K-truss based characterization of perturbations within the human gut microbiome.
Pac Symp Biocomput
; 29: 506-520, 2024.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38160303
17.
The pan-microbiome profiling system Taxa4Meta identifies clinical dysbiotic features and classifies diarrheal disease.
J Clin Invest
; 134(2)2024 Jan 16.
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| MEDLINE | ID: mdl-37962956
18.
Parsnp 2.0: Scalable Core-Genome Alignment for Massive Microbial Datasets.
bioRxiv
; 2024 Jan 31.
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| MEDLINE | ID: mdl-38352342
19.
Sensitivity and consistency of long- and short-read metagenomics and epicPCR for the detection of antibiotic resistance genes and their bacterial hosts in wastewater.
J Hazard Mater
; 469: 133939, 2024 May 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38490149
20.
Microbial Community Profiling Protocol with Full-length 16S rRNA Sequences and Emu.
Curr Protoc
; 4(3): e978, 2024 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38511467