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1.
eIF3 mRNA selectivity profiling reveals eIF3k as a cancer-relevant regulator of ribosome content.
EMBO J
; 42(12): e112362, 2023 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37155573
2.
Strong association between genomic 3D structure and CRISPR cleavage efficiency.
PLoS Comput Biol
; 20(6): e1012214, 2024 Jun 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38848440
3.
An evolutionarily conserved mechanism for controlling the efficiency of protein translation.
Cell
; 141(2): 344-54, 2010 Apr 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20403328
4.
Modeling the ribosomal small subunit dynamic in Saccharomyces cerevisiae based on TCP-seq data.
Nucleic Acids Res
; 50(3): 1297-1316, 2022 02 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35100399
5.
New computational model for miRNA-mediated repression reveals novel regulatory roles of miRNA bindings inside the coding region.
Bioinformatics
; 36(22-23): 5398-5404, 2021 Apr 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33320173
6.
Modeling three-dimensional genomic organization in evolution and pathogenesis.
Semin Cell Dev Biol
; 90: 78-93, 2019 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30030143
7.
Whole cell biophysical modeling of codon-tRNA competition reveals novel insights related to translation dynamics.
PLoS Comput Biol
; 16(7): e1008038, 2020 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32649657
8.
Identification of conserved slow codons that are important for protein expression and function.
RNA Biol
; 18(12): 2296-2307, 2021 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33691590
9.
Prokaryotic rRNA-mRNA interactions are involved in all translation steps and shape bacterial transcripts.
RNA Biol
; 18(sup2): 684-698, 2021 11 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34586043
10.
Prediction and large-scale analysis of primary operons in plastids reveals unique genetic features in the evolution of chloroplasts.
Nucleic Acids Res
; 47(7): 3344-3352, 2019 04 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30828719
11.
CSN: unsupervised approach for inferring biological networks based on the genome alone.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 190, 2020 May 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32414319
12.
Solving the Riddle of the Evolution of Shine-Dalgarno Based Translation in Chloroplasts.
Mol Biol Evol
; 36(12): 2854-2860, 2019 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31503284
13.
The COP9 signalosome influences the epigenetic landscape of Arabidopsis thaliana.
Bioinformatics
; 35(16): 2718-2723, 2019 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30596896
14.
ChimeraUGEM: unsupervised gene expression modeling in any given organism.
Bioinformatics
; 35(18): 3365-3371, 2019 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30715207
15.
Computational discovery and modeling of novel gene expression rules encoded in the mRNA.
Biochem Soc Trans
; 48(4): 1519-1528, 2020 08 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32662820
16.
Widespread non-modular overlapping codes in the coding regions.
Phys Biol
; 17(3): 031002, 2020 04 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31986496
17.
Correction: Computational analysis of the oscillatory behavior at the translation level induced by mRNA levels oscillations due to finite intracellular resources.
PLoS Comput Biol
; 15(7): e1007192, 2019 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-31265462
18.
Enhancing heterologous expression in Chlamydomonas reinhardtii by transcript sequence optimization.
Plant J
; 94(1): 22-31, 2018 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29383789
19.
Computational analysis of nascent peptides that induce ribosome stalling and their proteomic distribution in Saccharomyces cerevisiae.
RNA
; 23(7): 983-994, 2017 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28363900
20.
Universal evolutionary selection for high dimensional silent patterns of information hidden in the redundancy of viral genetic code.
Bioinformatics
; 34(19): 3241-3248, 2018 10 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29718236