Detalles de la búsqueda
1.
Nuclear magnetic resonance reveals a two hairpin equilibrium near the 3'-splice site of influenza A segment 7 mRNA that can be shifted by oligonucleotides.
RNA
; 28(4): 508-522, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34983822
2.
Nearest neighbor rules for RNA helix folding thermodynamics: improved end effects.
Nucleic Acids Res
; 50(9): 5251-5262, 2022 05 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35524574
3.
In vivo analysis of influenza A mRNA secondary structures identifies critical regulatory motifs.
Nucleic Acids Res
; 47(13): 7003-7017, 2019 07 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31053845
4.
Molecular dynamics correctly models the unusual major conformation of the GAGU RNA internal loop and with NMR reveals an unusual minor conformation.
RNA
; 24(5): 656-672, 2018 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29434035
5.
Improving RNA nearest neighbor parameters for helices by going beyond the two-state model.
Nucleic Acids Res
; 46(10): 4883-4892, 2018 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29718397
6.
Nuclear Magnetic Resonance Reveals That GU Base Pairs Flanking Internal Loops Can Adopt Diverse Structures.
Biochemistry
; 58(8): 1094-1108, 2019 02 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30702283
7.
Surprising Sequence Effects on GU Closure of Symmetric 2 × 2 Nucleotide RNA Internal Loops.
Biochemistry
; 57(14): 2121-2131, 2018 04 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29570276
8.
Crystal structure of a poly(rA) staggered zipper at acidic pH: evidence that adenine N1 protonation mediates parallel double helix formation.
Nucleic Acids Res
; 44(17): 8417-24, 2016 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27288442
9.
Nuclear Magnetic Resonance Structure of an 8 × 8 Nucleotide RNA Internal Loop Flanked on Each Side by Three Watson-Crick Pairs and Comparison to Three-Dimensional Predictions.
Biochemistry
; 56(29): 3733-3744, 2017 07 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28700212
10.
Structure determination of noncanonical RNA motifs guided by ¹H NMR chemical shifts.
Nat Methods
; 11(4): 413-6, 2014 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24584194
11.
Microarrays for identifying binding sites and probing structure of RNAs.
Nucleic Acids Res
; 43(1): 1-12, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25505162
12.
The contribution of pseudouridine to stabilities and structure of RNAs.
Nucleic Acids Res
; 42(5): 3492-501, 2014 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24369424
13.
Structural features of a 3' splice site in influenza a.
Biochemistry
; 54(21): 3269-85, 2015 Jun 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25909229
14.
The Influenza A PB1-F2 and N40 Start Codons Are Contained within an RNA Pseudoknot.
Biochemistry
; 54(22): 3413-5, 2015 Jun 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25996464
15.
Nuclear Magnetic Resonance-Assisted Prediction of Secondary Structure for RNA: Incorporation of Direction-Dependent Chemical Shift Constraints.
Biochemistry
; 54(45): 6769-82, 2015 Nov 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26451676
16.
Secondary structure of a conserved domain in an intron of influenza A M1 mRNA.
Biochemistry
; 53(32): 5236-48, 2014 Aug 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25026548
17.
NNDB: An Expanded Database of Nearest Neighbor Parameters for Predicting Stability of Nucleic Acid Secondary Structures.
J Mol Biol
; : 168549, 2024 Mar 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38522645
18.
The nuclear magnetic resonance of CCCC RNA reveals a right-handed helix, and revised parameters for AMBER force field torsions improve structural predictions from molecular dynamics.
Biochemistry
; 52(6): 996-1010, 2013 Feb 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23286901
19.
Identification of potential conserved RNA secondary structure throughout influenza A coding regions.
RNA
; 17(6): 991-1011, 2011 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21536710
20.
NMR structure of a 4 x 4 nucleotide RNA internal loop from an R2 retrotransposon: identification of a three purine-purine sheared pair motif and comparison to MC-SYM predictions.
RNA
; 17(9): 1664-77, 2011 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21778280