Detalles de la búsqueda
1.
MHC-Fine: Fine-tuned AlphaFold for precise MHC-peptide complex prediction.
Biophys J
; 2024 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38751115
2.
Expanding FTMap for Fragment-Based Identification of Pharmacophore Regions in Ligand Binding Sites.
J Chem Inf Model
; 64(6): 2084-2100, 2024 Mar 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38456842
3.
Conservation of Hot Spots and Ligand Binding Sites in Protein Models by AlphaFold2.
J Chem Inf Model
; 64(3): 960-973, 2024 Feb 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38253327
4.
Mapping of antibody epitopes based on docking and homology modeling.
Proteins
; 91(2): 171-182, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36088633
5.
Accurate ligand-protein docking in CASP15 using the ClusPro LigTBM server.
Proteins
; 91(12): 1822-1828, 2023 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37697630
6.
High Accuracy Prediction of PROTAC Complex Structures.
J Am Chem Soc
; 145(13): 7123-7135, 2023 04 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36961978
7.
Use of Solvent Mapping for Characterizing the Binding Site and for Predicting the Inhibition of the Human Ether-á-Go-Go-Related K+ Channel.
Chem Res Toxicol
; 35(8): 1359-1369, 2022 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35895844
8.
Conservation of Allosteric Ligand Binding Sites in G-Protein Coupled Receptors.
J Chem Inf Model
; 62(20): 4937-4954, 2022 10 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36195573
9.
Novel p.G250A Mutation Associated with Chronic Pancreatitis Highlights Misfolding-Prone Region in Carboxypeptidase A1 (CPA1).
Int J Mol Sci
; 23(24)2022 Dec 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36555104
10.
Assessing the binding properties of CASP14 targets and models.
Proteins
; 89(12): 1922-1939, 2021 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34368994
11.
Exploring the structural origins of cryptic sites on proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(15): E3416-E3425, 2018 04 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29581267
12.
Interaction Energetics and Druggability of the Protein-Protein Interaction between Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (KEAP1) and Nuclear Factor Erythroid 2 Like 2 (Nrf2).
Biochemistry
; 59(4): 563-581, 2020 02 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31851823
13.
Modeling beta-sheet peptide-protein interactions: Rosetta FlexPepDock in CAPRI rounds 38-45.
Proteins
; 88(8): 1037-1049, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31891416
14.
ClusPro in rounds 38 to 45 of CAPRI: Toward combining template-based methods with free docking.
Proteins
; 88(8): 1082-1090, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32142178
15.
Benchmark Sets for Binding Hot Spot Identification in Fragment-Based Ligand Discovery.
J Chem Inf Model
; 60(12): 6612-6623, 2020 12 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33291870
16.
Template-based modeling by ClusPro in CASP13 and the potential for using co-evolutionary information in docking.
Proteins
; 87(12): 1241-1248, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31444975
17.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins
; 87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31612567
18.
Protein-protein docking by fast generalized Fourier transforms on 5D rotational manifolds.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(30): E4286-93, 2016 07 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27412858
19.
Ligand deconstruction: Why some fragment binding positions are conserved and others are not.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(20): E2585-94, 2015 May 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25918377
20.
New additions to the ClusPro server motivated by CAPRI.
Proteins
; 85(3): 435-444, 2017 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27936493