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1.
Deep learning probability flows and entropy production rates in active matter.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(25): e2318106121, 2024 Jun 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38861599
2.
Adaptive Monte Carlo augmented with normalizing flows.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(10): e2109420119, 2022 03 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35235453
3.
Computing equilibrium free energies through a nonequilibrium quench.
J Chem Phys
; 160(3)2024 Jan 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38240301
4.
Rogue waves and large deviations in deep sea.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(5): 855-860, 2018 01 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29339489
5.
Emulsion patterns in the wake of a liquid-liquid phase separation front.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(14): 3599-3604, 2018 04 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29563232
6.
Infinite switch simulated tempering in force (FISST).
J Chem Phys
; 152(24): 244120, 2020 Jun 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32610977
7.
Dynamical Computation of the Density of States and Bayes Factors Using Nonequilibrium Importance Sampling.
Phys Rev Lett
; 122(15): 150602, 2019 Apr 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31050526
8.
Mapping saddles and minima on free energy surfaces using multiple climbing strings.
J Chem Phys
; 151(12): 124112, 2019 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31575198
9.
Multiscale implementation of infinite-swap replica exchange molecular dynamics.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(42): 11744-11749, 2016 10 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27698148
10.
Numerical computation of rare events via large deviation theory.
Chaos
; 29(6): 063118, 2019 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31266328
11.
Spatiotemporal Self-Organization of Fluctuating Bacterial Colonies.
Phys Rev Lett
; 119(18): 188003, 2017 Nov 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29219541
12.
Self-guided Langevin dynamics via generalized Langevin equation.
J Comput Chem
; 37(6): 595-601, 2016 Mar 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26183423
13.
Direct generation of loop-erased transition paths in non-equilibrium reactions.
Faraday Discuss
; 195: 443-468, 2016 12 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27722349
14.
Optimized Markov state models for metastable systems.
J Chem Phys
; 145(2): 024102, 2016 Jul 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27421392
15.
Full kinetics of CO entry, internal diffusion, and exit in myoglobin from transition-path theory simulations.
J Am Chem Soc
; 137(8): 3041-50, 2015 Mar 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25664858
16.
Exact dynamical coarse-graining without time-scale separation.
J Chem Phys
; 141(4): 044109, 2014 Jul 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25084883
17.
Dynamic density functional theory with hydrodynamic interactions and fluctuations.
J Chem Phys
; 140(23): 234115, 2014 Jun 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24952531
18.
Order-parameter-aided temperature-accelerated sampling for the exploration of crystal polymorphism and solid-liquid phase transitions.
J Chem Phys
; 140(21): 214109, 2014 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24907992
19.
Infinite swapping replica exchange molecular dynamics leads to a simple simulation patch using mixture potentials.
J Chem Phys
; 138(8): 084105, 2013 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23464138
20.
A climbing string method for saddle point search.
J Chem Phys
; 138(13): 134105, 2013 Apr 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23574206