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Co-evolutionary distance predictions contain flexibility information.
Bioinformatics
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34383892
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D936Y and Other Mutations in the Fusion Core of the SARS-CoV-2 Spike Protein Heptad Repeat 1: Frequency, Geographical Distribution, and Structural Effect.
Molecules
; 26(9)2021 Apr 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33946306
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An overview of data-driven HADDOCK strategies in CAPRI rounds 38-45.
Proteins
; 88(8): 1029-1036, 2020 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31886559
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PRODIGY-crystal: a web-tool for classification of biological interfaces in protein complexes.
Bioinformatics
; 35(22): 4821-4823, 2019 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31141126
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Large-scale prediction of binding affinity in protein-small ligand complexes: the PRODIGY-LIG web server.
Bioinformatics
; 35(9): 1585-1587, 2019 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31051038
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iSEE: Interface structure, evolution, and energy-based machine learning predictor of binding affinity changes upon mutations.
Proteins
; 87(2): 110-119, 2019 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30417935
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Prevention of Vγ9Vδ2 T Cell Activation by a Vγ9Vδ2 TCR Nanobody.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27895170
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Distinguishing crystallographic from biological interfaces in protein complexes: role of intermolecular contacts and energetics for classification.
BMC Bioinformatics
; 19(Suppl 15): 438, 2018 Nov 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30497368
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Performance of HADDOCK and a simple contact-based protein-ligand binding affinity predictor in the D3R Grand Challenge 2.
J Comput Aided Mol Des
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| MEDLINE | ID: mdl-28831657
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Structural Basis for Mutations of Human Aquaporins Associated to Genetic Diseases.
Int J Mol Sci
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29799470
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PRODIGY: a web server for predicting the binding affinity of protein-protein complexes.
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| MEDLINE | ID: mdl-27503228
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Analysis of the interface variability in NMR structure ensembles of protein-protein complexes.
J Struct Biol
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| MEDLINE | ID: mdl-26968364
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Prediction of homoprotein and heteroprotein complexes by protein docking and template-based modeling: A CASP-CAPRI experiment.
Proteins
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27122118
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CONSRANK: a server for the analysis, comparison and ranking of docking models based on inter-residue contacts.
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| MEDLINE | ID: mdl-25535242
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| MEDLINE | ID: mdl-25077693
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Fragment-based modeling of membrane protein loops: successes, failures, and prospects for the future.
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| MEDLINE | ID: mdl-23589399
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Correction: Prevention of Vγ9Vδ2 T Cell Activation by a Vγ9Vδ2 TCR Nanobody.
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| MEDLINE | ID: mdl-28416722
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Ranking multiple docking solutions based on the conservation of inter-residue contacts.
Proteins
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| MEDLINE | ID: mdl-23609916
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Using a consensus approach based on the conservation of inter-residue contacts to rank CAPRI models.
Proteins
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Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24115176
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CONS-COCOMAPS: a novel tool to measure and visualize the conservation of inter-residue contacts in multiple docking solutions.
BMC Bioinformatics
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Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22536965