Detalles de la búsqueda
1.
Deep embedding and alignment of protein sequences.
Nat Methods
; 20(1): 104-111, 2023 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36522501
2.
Inference of 3D genome architecture by modeling overdispersion of Hi-C data.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36594573
3.
LSMMD-MA: scaling multimodal data integration for single-cell genomics data analysis.
Bioinformatics
; 39(7)2023 07 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37421399
4.
Measuring significant changes in chromatin conformation with ACCOST.
Nucleic Acids Res
; 48(5): 2303-2311, 2020 03 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32034421
5.
Gene regulation inference from single-cell RNA-seq data with linear differential equations and velocity inference.
Bioinformatics
; 36(18): 4774-4780, 2020 09 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33026066
6.
A molecular atlas of the developing ectoderm defines neural, neural crest, placode, and nonneural progenitor identity in vertebrates.
PLoS Biol
; 15(10): e2004045, 2017 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29049289
7.
LOTUS: A single- and multitask machine learning algorithm for the prediction of cancer driver genes.
PLoS Comput Biol
; 15(9): e1007381, 2019 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31568528
8.
Effective normalization for copy number variation in Hi-C data.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 313, 2018 Sep 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30189838
9.
Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel.
BMC Bioinformatics
; 19(Suppl 1): 39, 2018 02 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29504897
10.
NetNorM: Capturing cancer-relevant information in somatic exome mutation data with gene networks for cancer stratification and prognosis.
PLoS Comput Biol
; 13(6): e1005573, 2017 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28650955
11.
Three-dimensional modeling of the P. falciparum genome during the erythrocytic cycle reveals a strong connection between genome architecture and gene expression.
Genome Res
; 24(6): 974-88, 2014 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24671853
12.
Large-scale machine learning for metagenomics sequence classification.
Bioinformatics
; 32(7): 1023-32, 2016 04 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26589281
13.
The Wnt receptor Ryk reduces neuronal and cell survival capacity by repressing FOXO activity during the early phases of mutant huntingtin pathogenicity.
PLoS Biol
; 12(6): e1001895, 2014 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24960609
14.
Multiple dimensions of epigenetic gene regulation in the malaria parasite Plasmodium falciparum: gene regulation via histone modifications, nucleosome positioning and nuclear architecture in P. falciparum.
Bioessays
; 37(2): 182-94, 2015 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25394267
15.
Accurate identification of centromere locations in yeast genomes using Hi-C.
Nucleic Acids Res
; 43(11): 5331-9, 2015 Jun 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25940625
16.
A generic methodological framework for studying single cell motility in high-throughput time-lapse data.
Bioinformatics
; 31(12): i320-8, 2015 Jun 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26072499
17.
Integrative DNA methylation and gene expression analysis to assess the universality of the CpG island methylator phenotype.
Hum Genomics
; 9: 26, 2015 Oct 13.
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| MEDLINE | ID: mdl-26463173
18.
A convex formulation for joint RNA isoform detection and quantification from multiple RNA-seq samples.
BMC Bioinformatics
; 16: 262, 2015 Aug 19.
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| MEDLINE | ID: mdl-26286719
19.
Pax3 and Zic1 trigger the early neural crest gene regulatory network by the direct activation of multiple key neural crest specifiers.
Dev Biol
; 386(2): 461-72, 2014 Feb 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-24360906
20.
Changes in correlation between promoter methylation and gene expression in cancer.
BMC Genomics
; 16: 873, 2015 Oct 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26510534