Detalles de la búsqueda
1.
Identification of nonhistone substrates of the lysine methyltransferase PRDM9.
J Biol Chem
; 299(5): 104651, 2023 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36972790
2.
Optimizing Multisite λ-Dynamics Throughput with Charge Renormalization.
J Chem Inf Model
; 62(6): 1479-1488, 2022 03 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35286093
3.
Improved Cell-Potent and Selective Peptidomimetic Inhibitors of Protein N-Terminal Methyltransferase 1.
Molecules
; 27(4)2022 Feb 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35209173
4.
Exploring Unconventional SAM Analogues To Build Cell-Potent Bisubstrate Inhibitors for Nicotinamide N-Methyltransferase.
Angew Chem Int Ed Engl
; 61(16): e202114813, 2022 04 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35134268
5.
Mutant thermal proteome profiling for characterization of missense protein variants and their associated phenotypes within the proteome.
J Biol Chem
; 295(48): 16219-16238, 2020 11 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32878984
6.
Gas-Phase Ion/Ion Chemistry for Structurally Sensitive Probes of Gaseous Protein Ion Structure: Electrostatic and Electrostatic to Covalent Cross-Linking.
Int J Mass Spectrom
; 4632021 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33716558
7.
CDOCKER and λ-dynamics for prospective prediction in D3R Grand Challenge 2.
J Comput Aided Mol Des
; 32(1): 89-102, 2018 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28884249
8.
Application of a BOSS-Gaussian interface for QM/MM simulations of Henry and methyl transfer reactions.
J Comput Chem
; 36(27): 2064-74, 2015 Oct 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26311531
9.
Determination of partial molar volumes from free energy perturbation theory.
Phys Chem Chem Phys
; 17(13): 8407-15, 2015 Apr 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25589343
10.
A λ-dynamics investigation of insulin Wakayama and other A3 variant binding affinities to the insulin receptor.
bioRxiv
; 2024 Mar 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38559010
11.
In silico λ-dynamics predicts protein binding specificities to modified RNAs.
bioRxiv
; 2024 Jan 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38328125
12.
Fast free energy estimates from λ-dynamics with bias-updated Gibbs sampling.
Nat Commun
; 14(1): 8515, 2023 Dec 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38129400
13.
Chemically induced partial unfolding of the multifunctional Apurinic/apyrimidinic endonuclease 1.
bioRxiv
; 2023 Jun 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37425839
14.
Addressing Intersite Coupling Unlocks Large Combinatorial Chemical Spaces for Alchemical Free Energy Methods.
J Chem Theory Comput
; 18(4): 2114-2123, 2022 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35255214
15.
Optimal scaling factors for CM1 and CM3 atomic charges in RM1-based aqueous simulations.
J Comput Chem
; 32(13): 2836-42, 2011 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21732390
16.
Generalizing the Discrete Gibbs Sampler-Based λ-Dynamics Approach for Multisite Sampling of Many Ligands.
J Chem Theory Comput
; 17(7): 3895-3907, 2021 Jul 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34101448
17.
Accelerated CDOCKER with GPUs, Parallel Simulated Annealing, and Fast Fourier Transforms.
J Chem Theory Comput
; 16(6): 3910-3919, 2020 Jun 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32374996
18.
Exploring pH Dependent Host/Guest Binding Affinities.
J Phys Chem B
; 124(30): 6520-6528, 2020 07 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32628482
19.
Fast Solver for Large Scale Multistate Bennett Acceptance Ratio Equations.
J Chem Theory Comput
; 15(2): 799-802, 2019 Feb 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30689377
20.
Overcoming Challenging Substituent Perturbations with Multisite λ-Dynamics: A Case Study Targeting ß-Secretase 1.
J Phys Chem Lett
; 10(17): 4875-4880, 2019 Sep 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31386370