Detalles de la búsqueda
1.
The Role of Active-Site Residues Phe98, His239, and Arg243 in DNA Binding and in the Catalysis of Human Uracil-DNA Glycosylase SMUG1.
Molecules
; 24(17)2019 Aug 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31466351
2.
MDTRA: a molecular dynamics trajectory analyzer with a graphical user interface.
J Comput Chem
; 34(4): 319-25, 2013 Feb 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23047307
3.
Conformational dynamics of abasic DNA upon interactions with AP endonuclease 1 revealed by stopped-flow fluorescence analysis.
Biochemistry
; 51(6): 1306-21, 2012 Feb 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22243137
4.
Potential of mean force of water-proton bath and molecular dynamic simulation of proteins at constant pH.
J Comput Chem
; 33(8): 832-42, 2012 Mar 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22278814
5.
An effective molecular blocker of ion channel of M2 protein as anti-influenza a drug.
J Biomol Struct Dyn
; 39(7): 2352-2363, 2021 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32212957
6.
Blind docking method combining search of low-resolution binding sites with ligand pose refinement by molecular dynamics-based global optimization.
J Comput Chem
; 31(5): 1080-92, 2010 Apr 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19821514
7.
Identifying native-like protein structures with scoring functions based on all-atom ECEPP force fields, implicit solvent models and structure relaxation.
Proteins
; 77(1): 38-51, 2009 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19384995
8.
Role of Ionizing Amino Acid Residues in the Process of DNA Binding by Human AP Endonuclease 1 and in Its Catalysis.
J Phys Chem B
; 123(45): 9546-9556, 2019 11 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31633353
9.
Roles of Active-Site Amino Acid Residues in Specific Recognition of DNA Lesions by Human 8-Oxoguanine-DNA Glycosylase (OGG1).
J Phys Chem B
; 123(23): 4878-4887, 2019 06 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31117610
10.
FAMBE-pH: a fast and accurate method to compute the total solvation free energies of proteins.
J Phys Chem B
; 112(35): 11122-36, 2008 Sep 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18683966
11.
A comprehensive analysis of the computed tautomer fractions of the imidazole ring of histidines in Loligo vulgaris.
J Biomol Struct Dyn
; 36(12): 3094-3105, 2018 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28884632
12.
Coupled molecular dynamics and continuum electrostatic method to compute the ionization pKa's of proteins as a function of pH. Test on a large set of proteins.
J Biomol Struct Dyn
; 36(3): 561-574, 2018 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28132613
13.
Coupling between conformation and proton binding in proteins.
Proteins
; 61(1): 56-68, 2005 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16080152
14.
Evaluation of the Gibbs Free Energy Changes and Melting Temperatures of DNA/DNA Duplexes Using Hybridization Enthalpy Calculated by Molecular Dynamics Simulation.
J Phys Chem B
; 119(49): 15221-34, 2015 Dec 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26569147
15.
Advances in implicit models of water solvent to compute conformational free energy and molecular dynamics of proteins at constant pH.
Adv Protein Chem Struct Biol
; 85: 281-322, 2011.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21920327
16.
Free energies of protein decoys provide insight into determinants of protein stability.
Protein Sci
; 11(4): 994, 2002 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-11910042
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