Detalles de la búsqueda
1.
Bacterial histone HBb from Bdellovibrio bacteriovorus compacts DNA by bending.
Nucleic Acids Res
; 2024 Jun 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38864377
2.
Decoding dissociation of sequence-specific protein-DNA complexes with non-equilibrium simulations.
Nucleic Acids Res
; 51(22): 12150-12160, 2023 Dec 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37953329
3.
Binding Dynamics of a Stapled Peptide Targeting the Transcription Factor NF-Y.
Chembiochem
; 25(9): e202400020, 2024 May 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38470946
4.
Sequence dependence of transient Hoogsteen base pairing in DNA.
PLoS Comput Biol
; 18(5): e1010113, 2022 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35617357
5.
Structural basis for osmotic regulation of the DNA binding properties of H-NS proteins.
Nucleic Acids Res
; 48(4): 2156-2172, 2020 02 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31925429
6.
Atomistic insight into the kinetic pathways for Watson-Crick to Hoogsteen transitions in DNA.
Nucleic Acids Res
; 47(21): 11069-11076, 2019 12 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31665440
7.
Predicting the Structure and Dynamics of Membrane Protein GerAB from Bacillus subtilis.
Int J Mol Sci
; 22(7)2021 Apr 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33917581
8.
Predicting the mechanism and rate of H-NS binding to AT-rich DNA.
PLoS Comput Biol
; 15(3): e1006845, 2019 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30845209
9.
Influence of Glu/Arg, Asp/Arg, and Glu/Lys Salt Bridges on α-Helical Stability and Folding Kinetics.
Biophys J
; 110(11): 2328-2341, 2016 06 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27276251
10.
The Trigger Factor Chaperone Encapsulates and Stabilizes Partial Folds of Substrate Proteins.
PLoS Comput Biol
; 11(10): e1004444, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26512985
11.
Multiscale approach to the determination of the photoactive yellow protein signaling state ensemble.
PLoS Comput Biol
; 10(10): e1003797, 2014 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25356903
12.
The HAMP signal relay domain adopts multiple conformational states through collective piston and tilt motions.
PLoS Comput Biol
; 9(2): e1002913, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23468603
13.
A model of H-NS mediated compaction of bacterial DNA.
Biophys J
; 104(7): 1615-22, 2013 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23561538
14.
Predicting the reaction coordinates of millisecond light-induced conformational changes in photoactive yellow protein.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 107(6): 2397-402, 2010 Feb 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20133754
15.
Rigid Base Biasing in Molecular Dynamics Enables Enhanced Sampling of DNA Conformations.
J Chem Theory Comput
; 19(3): 902-909, 2023 Feb 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36695645
16.
Predicting the effect of ions on the conformation of the H-NS dimerization domain.
Biophys J
; 103(1): 89-98, 2012 Jul 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22828335
17.
Elucidating the locking mechanism of peptides onto growing amyloid fibrils through transition path sampling.
Biophys J
; 103(6): 1296-304, 2012 Sep 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22995502
18.
Native thrombocidin-1 and unfolded thrombocidin-1 exert antimicrobial activity via distinct structural elements.
J Biol Chem
; 286(50): 43506-14, 2011 Dec 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22025617
19.
Path Sampling Simulations Reveal How the Q61L Mutation Alters the Dynamics of KRas.
J Phys Chem B
; 126(48): 10034-10044, 2022 12 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36427204
20.
Length-scale-dependent elasticity in DNA from coarse-grained and all-atom models.
Phys Rev E
; 103(4-1): 042408, 2021 Apr.
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| MEDLINE | ID: mdl-34005944