Detalles de la búsqueda
1.
PERFUMES: pipeline to extract RNA functional motifs and exposed structures.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38291894
2.
Vernal: a tool for mining fuzzy network motifs in RNA.
Bioinformatics
; 38(4): 970-976, 2022 01 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34791045
3.
RNAglib: a python package for RNA 2.5 D graphs.
Bioinformatics
; 38(5): 1458-1459, 2022 02 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34908108
4.
Finding recurrent RNA structural networks with fast maximal common subgraphs of edge-colored graphs.
PLoS Comput Biol
; 17(5): e1008990, 2021 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34048427
5.
Augmented base pairing networks encode RNA-small molecule binding preferences.
Nucleic Acids Res
; 48(14): 7690-7699, 2020 08 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32652015
6.
On the emergence of structural complexity in RNA replicators.
RNA
; 25(12): 1579-1591, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31467146
7.
Fast and flexible coarse-grained prediction of protein folding routes using ensemble modeling and evolutionary sequence variation.
Bioinformatics
; 36(5): 1420-1428, 2020 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31584628
8.
incaRNAfbinv 2.0: a webserver and software with motif control for fragment-based design of RNAs.
Bioinformatics
; 36(9): 2920-2922, 2020 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31971575
9.
Automated, customizable and efficient identification of 3D base pair modules with BayesPairing.
Nucleic Acids Res
; 47(7): 3321-3332, 2019 04 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30828711
10.
Design of RNAs: comparing programs for inverse RNA folding.
Brief Bioinform
; 19(2): 350-358, 2018 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28049135
11.
OptiMol: Optimization of Binding Affinities in Chemical Space for Drug Discovery.
J Chem Inf Model
; 60(12): 5658-5666, 2020 12 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32986426
12.
Mining for recurrent long-range interactions in RNA structures reveals embedded hierarchies in network families.
Nucleic Acids Res
; 46(8): 3841-3851, 2018 05 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29608773
13.
Predicting Positions of Bridging Water Molecules in Nucleic Acid-Ligand Complexes.
J Chem Inf Model
; 59(6): 2941-2951, 2019 06 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30998377
14.
Storage, visualization, and navigation of 3D genomics data.
Methods
; 142: 74-80, 2018 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29792917
15.
RNA-MoIP: prediction of RNA secondary structure and local 3D motifs from sequence data.
Nucleic Acids Res
; 45(W1): W440-W444, 2017 07 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28525607
16.
Combining structure probing data on RNA mutants with evolutionary information reveals RNA-binding interfaces.
Nucleic Acids Res
; 44(11): e104, 2016 06 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27095200
17.
incaRNAfbinv: a web server for the fragment-based design of RNA sequences.
Nucleic Acids Res
; 44(W1): W308-14, 2016 07 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27185893
18.
A low-latency, big database system and browser for storage, querying and visualization of 3D genomic data.
Nucleic Acids Res
; 43(16): e103, 2015 Sep 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25990738
19.
Reconstruction of ancestral RNA sequences under multiple structural constraints.
BMC Genomics
; 17(Suppl 10): 862, 2016 11 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28185557
20.
Probing the binding affinity of amyloids to reduce toxicity of oligomers in diabetes.
Bioinformatics
; 31(14): 2294-302, 2015 Jul 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25777526