Detalles de la búsqueda
1.
RNA folding using quantum computers.
PLoS Comput Biol
; 18(4): e1010032, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35404931
2.
CRISPR-Cas9 conformational activation as elucidated from enhanced molecular simulations.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(28): 7260-7265, 2017 07 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28652374
3.
pH-dependent conformational dynamics of beta-secretase 1: A molecular dynamics study.
J Mol Recognit
; 32(3): e2765, 2019 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30264484
4.
Ligand Binding Pathways and Conformational Transitions of the HIV Protease.
Biochemistry
; 57(9): 1533-1541, 2018 03 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29394043
5.
Fast and flexible gpu accelerated binding free energy calculations within the amber molecular dynamics package.
J Comput Chem
; 39(19): 1354-1358, 2018 07 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29532496
6.
GPU-Accelerated Molecular Dynamics and Free Energy Methods in Amber18: Performance Enhancements and New Features.
J Chem Inf Model
; 58(10): 2043-2050, 2018 10 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30199633
7.
A Kepler Workflow Tool for Reproducible AMBER GPU Molecular Dynamics.
Biophys J
; 112(12): 2469-2474, 2017 Jun 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28636905
8.
Water exit pathways and proton pumping mechanism in B-type cytochrome c oxidase from molecular dynamics simulations.
Biochim Biophys Acta
; 1857(9): 1594-1606, 2016 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27317965
9.
Combined quantum-mechanical molecular mechanics calculations with NWChem and AMBER: Excited state properties of green fluorescent protein chromophore analogue in aqueous solution.
J Comput Chem
; 38(18): 1631-1639, 2017 07 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28470855
10.
Complement Factor H and Simian Virus 40 bind the GM1 ganglioside in distinct conformations.
Glycobiology
; 26(5): 532-9, 2016 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26715202
11.
Solvation thermodynamic mapping of molecular surfaces in AmberTools: GIST.
J Comput Chem
; 37(21): 2029-37, 2016 08 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27317094
12.
A broken-symmetry density functional study of structures, energies, and protonation states along the catalytic O-O bond cleavage pathway in ba3 cytochrome c oxidase from Thermus thermophilus.
Phys Chem Chem Phys
; 18(31): 21162-71, 2016 Aug 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27094074
13.
Simulation of lipid bilayer self-assembly using all-atom lipid force fields.
Phys Chem Chem Phys
; 18(15): 10573-84, 2016 Apr 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27034995
14.
Speed of conformational change: comparing explicit and implicit solvent molecular dynamics simulations.
Biophys J
; 108(5): 1153-64, 2015 Mar 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25762327
15.
Adaptive mutations alter antibody structure and dynamics during affinity maturation.
Biochemistry
; 54(11): 2085-93, 2015 Mar 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25756188
16.
Paramfit: automated optimization of force field parameters for molecular dynamics simulations.
J Comput Chem
; 36(2): 79-87, 2015 Jan 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-25413259
17.
The adaptive buffered force QM/MM method in the CP2K and AMBER software packages.
J Comput Chem
; 36(9): 633-48, 2015 Apr 05.
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| MEDLINE | ID: mdl-25649827
18.
An extensible interface for QM/MM molecular dynamics simulations with AMBER.
J Comput Chem
; 35(2): 95-108, 2014 Jan 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-24122798
19.
Distal loop flexibility of a regulatory domain modulates dynamics and activity of C-terminal SRC kinase (csk).
PLoS Comput Biol
; 9(9): e1003188, 2013.
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| MEDLINE | ID: mdl-24039559
20.
Linking chemical electron-proton transfer to proton pumping in cytochrome c oxidase: broken-symmetry DFT exploration of intermediates along the catalytic reaction pathway of the iron-copper dinuclear complex.
Inorg Chem
; 53(13): 6458-72, 2014 Jul 07.
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| MEDLINE | ID: mdl-24960612