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1.
Hybrid programming-model strategies for GPU offloading of electronic structure calculation kernels.
J Chem Phys
; 160(12)2024 Mar 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38551311
2.
Water Networks in Photosystem II Using Crystalline Molecular Dynamics Simulations and Room-Temperature XFEL Serial Crystallography.
J Am Chem Soc
; 145(27): 14621-14635, 2023 Jul 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37369071
3.
Graph-based quantum response theory and shadow Born-Oppenheimer molecular dynamics.
J Chem Phys
; 158(7): 074108, 2023 Feb 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36813723
4.
Mix-and-inject XFEL crystallography reveals gated conformational dynamics during enzyme catalysis.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(51): 25634-25640, 2019 12 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31801874
5.
Biomolecular Solvation Structure Revealed by Molecular Dynamics Simulations.
J Am Chem Soc
; 141(11): 4711-4720, 2019 03 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30834751
6.
Measuring and modeling diffuse scattering in protein X-ray crystallography.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(15): 4069-74, 2016 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27035972
7.
Conformational dynamics of a crystalline protein from microsecond-scale molecular dynamics simulations and diffuse X-ray scattering.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(50): 17887-92, 2014 Dec 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25453071
8.
Graph-based linear scaling electronic structure theory.
J Chem Phys
; 144(23): 234101, 2016 Jun 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27334148
9.
Predicting X-ray diffuse scattering from translation-libration-screw structural ensembles.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr
; 71(Pt 8): 1657-67, 2015 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26249347
10.
Changes in an enzyme ensemble during catalysis observed by high-resolution XFEL crystallography.
Sci Adv
; 10(13): eadk7201, 2024 Mar 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38536910
11.
Molecular-dynamics simulations of macromolecular diffraction, part II: Analysis of protein crystal simulations.
Methods Enzymol
; 688: 115-143, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37748824
12.
Molecular-dynamics simulations of macromolecular diffraction, part I: Preparation of protein crystal simulations.
Methods Enzymol
; 688: 87-114, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37748833
13.
Molecular-dynamics simulation methods for macromolecular crystallography.
Acta Crystallogr D Struct Biol
; 79(Pt 1): 50-65, 2023 Jan 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36601807
14.
Interpreting macromolecular diffraction through simulation.
Methods Enzymol
; 688: 195-222, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37748827
15.
Changes in an Enzyme Ensemble During Catalysis Observed by High Resolution XFEL Crystallography.
bioRxiv
; 2023 Aug 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37645800
16.
Genome majority vote improves gene predictions.
PLoS Comput Biol
; 7(11): e1002284, 2011 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22131910
17.
Enhancing Sampling of Water Rehydration on Ligand Binding: A Comparison of Techniques.
J Chem Theory Comput
; 18(3): 1359-1381, 2022 Mar 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35148093
18.
Consistency of gene starts among Burkholderia genomes.
BMC Genomics
; 12: 125, 2011 Feb 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21342528
19.
Selected papers from the Fourth Annual q-bio Conference on Cellular Information Processing.
Phys Biol
; 8(5): 050301, 2011 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21832800
20.
Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
Struct Dyn
; 8(4): 044701, 2021 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34258328