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Ensemble-Based Approaches Ensure Reliability and Reproducibility.
J Chem Inf Model
; 63(22): 6959-6963, 2023 Nov 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37965695
2.
TIES 2.0: A Dual-Topology Open Source Relative Binding Free Energy Builder with Web Portal.
J Chem Inf Model
; 63(3): 718-724, 2023 02 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36719676
3.
Ensemble Simulations and Experimental Free Energy Distributions: Evaluation and Characterization of Isoxazole Amides as SMYD3 Inhibitors.
J Chem Inf Model
; 62(10): 2561-2570, 2022 05 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35508076
4.
Uncertainty quantification in classical molecular dynamics.
Philos Trans A Math Phys Eng Sci
; 379(2197): 20200082, 2021 May 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33775140
5.
High-throughput binding affinity calculations at extreme scales.
BMC Bioinformatics
; 19(Suppl 18): 482, 2018 Dec 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30577753
6.
Evaluation and Characterization of Trk Kinase Inhibitors for the Treatment of Pain: Reliable Binding Affinity Predictions from Theory and Computation.
J Chem Inf Model
; 57(4): 897-909, 2017 04 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28319380
7.
On the calculation of equilibrium thermodynamic properties from molecular dynamics.
Phys Chem Chem Phys
; 18(44): 30236-30240, 2016 Nov 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27165501
8.
Conformational effects on the pro-S hydrogen abstraction reaction in cyclooxygenase-1: an integrated QM/MM and MD study.
Biophys J
; 104(5): L5-7, 2013 Mar 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23473504
9.
Comparison of Equilibrium and Nonequilibrium Approaches for Relative Binding Free Energy Predictions.
J Chem Theory Comput
; 19(21): 7846-7860, 2023 Nov 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37862058
10.
Regulation of JAK2 activation by Janus homology 2: evidence from molecular dynamics simulations.
J Chem Inf Model
; 52(11): 2992-3000, 2012 Nov 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23033920
11.
Alchemical Free Energy Estimators and Molecular Dynamics Engines: Accuracy, Precision, and Reproducibility.
J Chem Theory Comput
; 18(6): 3972-3987, 2022 Jun 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35609233
12.
Thermodynamic and structural insights into the repurposing of drugs that bind to SARS-CoV-2 main protease.
Mol Syst Des Eng
; 7(2): 123-131, 2022 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35223088
13.
The performance of ensemble-based free energy protocols in computing binding affinities to ROS1 kinase.
Sci Rep
; 12(1): 10433, 2022 06 21.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35729177
14.
Molecular dynamics simulation reveals structural and thermodynamic features of kinase activation by cancer mutations within the epidermal growth factor receptor.
J Comput Chem
; 32(13): 2843-52, 2011 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21717480
15.
TIES 20: Relative Binding Free Energy with a Flexible Superimposition Algorithm and Partial Ring Morphing.
J Chem Theory Comput
; 17(2): 1250-1265, 2021 Feb 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33486956
16.
Ensembles Are Required to Handle Aleatoric and Parametric Uncertainty in Molecular Dynamics Simulation.
J Chem Theory Comput
; 17(8): 5187-5197, 2021 Aug 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34280310
17.
The effect of protein mutations on drug binding suggests ensuing personalised drug selection.
Sci Rep
; 11(1): 13452, 2021 06 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34188094
18.
Pandemic drugs at pandemic speed: infrastructure for accelerating COVID-19 drug discovery with hybrid machine learning- and physics-based simulations on high-performance computers.
Interface Focus
; 11(6): 20210018, 2021 Dec 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34956592
19.
Accuracy and Precision of Alchemical Relative Free Energy Predictions with and without Replica-Exchange.
Adv Theory Simul
; 3(1): 1900195, 2020 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34527855
20.
Rapid, accurate, precise and reproducible ligand-protein binding free energy prediction.
Interface Focus
; 10(6): 20200007, 2020 Dec 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33178418