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1.
DeepMicroGen: a generative adversarial network-based method for longitudinal microbiome data imputation.
Bioinformatics
; 39(5)2023 05 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37099704
2.
Modeling the temporal dynamics of master regulators and CtrA proteolysis in Caulobacter crescentus cell cycle.
PLoS Comput Biol
; 18(1): e1009847, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35089921
3.
JigCell Model Connector: building large molecular network models from components.
Simulation
; 94(11): 993-1008, 2018 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31303682
4.
Predicting the combined effect of multiple genetic variants.
Hum Genomics
; 9: 18, 2015 Jul 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26223264
5.
HMMvar-func: a new method for predicting the functional outcome of genetic variants.
BMC Bioinformatics
; 16: 351, 2015 Oct 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26518340
6.
Quantitative prediction of the effect of genetic variation using hidden Markov models.
BMC Bioinformatics
; 15: 5, 2014 Jan 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24405700
7.
Reverse engineering dynamic temporal models of biological processes and their relationships.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 107(28): 12511-6, 2010 Jul 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20571120
8.
A network of SCOP hidden Markov models and its analysis.
BMC Bioinformatics
; 12: 191, 2011 May 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21635719
9.
Stiffness detection and reduction in discrete stochastic simulation of biochemical systems.
J Chem Phys
; 134(5): 054105, 2011 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21303090
10.
Multidimensional Global Optimization and Robustness Analysis in the Context of Protein-Ligand Binding.
J Chem Theory Comput
; 16(7): 4669-4684, 2020 Jul 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32450041
11.
Simultaneously segmenting multiple gene expression time courses by analyzing cluster dynamics.
J Bioinform Comput Biol
; 7(2): 339-56, 2009 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19340919
12.
Semisupervised learning of hidden Markov models via a homotopy method.
IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell
; 31(2): 275-87, 2009 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19110493
13.
Efficiently Encoding Complex Biochemical Models with the Multistate Model Builder (MSMB).
Methods Mol Biol
; 1945: 119-139, 2019.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30945244
14.
Quasi-Newton Stochastic Optimization Algorithm for Parameter Estimation of a Stochastic Model of the Budding Yeast Cell Cycle.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 16(1): 301-311, 2019.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29990127
15.
Comprehensive off-target analysis of dCas9-SAM-mediated HIV reactivation via long noncoding RNA and mRNA profiling.
BMC Med Genomics
; 11(1): 78, 2018 Sep 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30200981
16.
Note on the computation of critical effective population sizes.
J Comput Biol
; 14(7): 950-60, 2007 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17803372
17.
Validation and estimation of parameters for a general probabilistic model of the PCR process.
J Comput Biol
; 14(1): 97-112, 2007.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17381349
18.
Predicting network modules of cell cycle regulators using relative protein abundance statistics.
BMC Syst Biol
; 11(1): 30, 2017 02 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28241833
19.
UPS-indel: a Universal Positioning System for Indels.
Sci Rep
; 7(1): 14106, 2017 10 26.
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| MEDLINE | ID: mdl-29074871
20.
The JigCell model builder: a spreadsheet interface for creating biochemical reaction network models.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 3(2): 155-64, 2006.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17048401