Detalles de la búsqueda
1.
Unsupervised and supervised AI on molecular dynamics simulations reveals complex characteristics of HLA-A2-peptide immunogenicity.
Brief Bioinform
; 25(1)2023 11 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38233090
2.
In silico design and validation of high-affinity RNA aptamers targeting epithelial cellular adhesion molecule dimers.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(15): 8486-8493, 2020 04 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32234785
3.
Analysis of Training and Seed Bias in Small Molecules Generated with a Conditional Graph-Based Variational AutoencoderâInsights for Practical AI-Driven Molecule Generation.
J Chem Inf Model
; 62(4): 801-816, 2022 02 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35130440
4.
Simplified, interpretable graph convolutional neural networks for small molecule activity prediction.
J Comput Aided Mol Des
; 36(5): 391-404, 2022 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34817762
5.
T cell receptors for the HIV KK10 epitope from patients with differential immunologic control are functionally indistinguishable.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(8): 1877-1882, 2018 02 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29437954
6.
Combining Docking Pose Rank and Structure with Deep Learning Improves Protein-Ligand Binding Mode Prediction over a Baseline Docking Approach.
J Chem Inf Model
; 60(9): 4170-4179, 2020 09 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32077698
7.
Rare Dissipative Transitions Punctuate the Initiation of Chemical Denaturation in Proteins.
Biophys J
; 114(4): 812-821, 2018 02 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29490243
8.
Heat dissipation guides activation in signaling proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(33): 10377-82, 2015 Aug 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26240354
9.
Markov state models provide insights into dynamic modulation of protein function.
Acc Chem Res
; 48(2): 414-22, 2015 Feb 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25625937
10.
A Peptide-Coated Gold Nanocluster Exhibits Unique Behavior in Protein Activity Inhibition.
J Am Chem Soc
; 137(26): 8412-8, 2015 Jul 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26084190
11.
Percolation-like phase transitions in network models of protein dynamics.
J Chem Phys
; 142(21): 215105, 2015 Jun 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26049529
12.
Dynamical phase transitions reveal amyloid-like states on protein folding landscapes.
Biophys J
; 107(4): 974-82, 2014 Aug 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25140433
13.
Emergence of glass-like behavior in Markov state models of protein folding dynamics.
J Am Chem Soc
; 135(15): 5501-4, 2013 Apr 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23540906
14.
Derivation and assessment of phase-shifted, disordered vector field models for frustrated solvent interactions.
J Chem Phys
; 138(8): 085103, 2013 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23464179
15.
Functional understanding of solvent structure in GroEL cavity through dipole field analysis.
J Chem Phys
; 138(16): 165101, 2013 Apr 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23635172
16.
Inclusion of persistence length-based secondary structure in replica field theoretic models of heteropolymer freezing.
J Chem Phys
; 139(12): 121917, 2013 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24089729
17.
Molecular basis of differential HLA class I-restricted T cell recognition of a highly networked HIV peptide.
Nat Commun
; 14(1): 2929, 2023 05 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37217466
18.
Protein folding is mechanistically robust.
Biophys J
; 102(4): 859-67, 2012 Feb 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22385857
19.
HIV-1 induced changes in HLA-C*03â: â04-presented peptide repertoires lead to reduced engagement of inhibitory natural killer cell receptors.
AIDS
; 34(12): 1713-1723, 2020 10 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32501836
20.
Molecular mechanism of Gd@C82(OH)22 increasing collagen expression: Implication for encaging tumor.
Biomaterials
; 152: 24-36, 2018 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29080421