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1.
CP2K: An electronic structure and molecular dynamics software package - Quickstep: Efficient and accurate electronic structure calculations.
J Chem Phys
; 152(19): 194103, 2020 May 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33687235
2.
Solvation free energy of the peptide group: its model dependence and implications for the additive-transfer free-energy model of protein stability.
Biophys J
; 105(6): 1482-90, 2013 Sep 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24048000
3.
Communication: regularizing binding energy distributions and thermodynamics of hydration: theory and application to water modeled with classical and ab initio simulations.
J Chem Phys
; 135(18): 181101, 2011 Nov 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22088043
4.
Communication: Thermodynamics of water modeled using ab initio simulations.
J Chem Phys
; 133(14): 141101, 2010 Oct 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20949978
5.
Molecular packing and chemical association in liquid water simulated using ab initio hybrid Monte Carlo and different exchange-correlation functionals.
J Chem Phys
; 132(20): 204509, 2010 May 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20515102
6.
Magnetic linear response properties calculations with the Gaussian and augmented-plane-wave method.
J Chem Phys
; 131(1): 014106, 2009 Jul 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19586095
7.
Extended Lagrangian Born-Oppenheimer molecular dynamics with dissipation.
J Chem Phys
; 130(21): 214109, 2009 Jun 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19508058
8.
Importance of Hydrophilic Hydration and Intramolecular Interactions in the Thermodynamics of Helix-Coil Transition and Helix-Helix Assembly in a Deca-Alanine Peptide.
J Phys Chem B
; 120(1): 69-76, 2016 Jan 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26649757
9.
Semiempirical Molecular Dynamics (SEMD) I: Midpoint-Based Parallel Sparse Matrix-Matrix Multiplication Algorithm for Matrices with Decay.
J Chem Theory Comput
; 11(7): 3145-52, 2015 Jul 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26575751
10.
Conditional solvation thermodynamics of isoleucine in model peptides and the limitations of the group-transfer model.
J Phys Chem B
; 118(15): 4080-7, 2014 Apr 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24650057
11.
Regularizing Binding Energy Distributions and the Hydration Free Energy of Protein Cytochrome C from All-Atom Simulations.
J Chem Theory Comput
; 8(9): 3409-15, 2012 Sep 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26605746
12.
A smooth script-l1-norm sparseness function for orbital based linear scaling total energy minimization.
J Chem Phys
; 128(6): 064107, 2008 Feb 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18282028
13.
Direct energy functional minimization under orthogonality constraints.
J Chem Phys
; 128(8): 084113, 2008 Feb 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18315039
14.
Linear scaling density matrix perturbation theory for basis-set-dependent quantum response calculations: an orthogonal formulation.
J Chem Phys
; 127(6): 064105, 2007 Aug 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17705586
15.
Parallel algorithm for the computation of the Hartree-Fock exchange matrix: gas phase and periodic parallel ONX.
J Chem Phys
; 125(10): 104110, 2006 Sep 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16999518
16.
Energy gradients with respect to atomic positions and cell parameters for the Kohn-Sham density-functional theory at the Gamma point.
J Chem Phys
; 124(22): 224107, 2006 Jun 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16784263
17.
Exchange energy gradients with respect to atomic positions and cell parameters within the Hartree-Fock Gamma-point approximation.
J Chem Phys
; 124(21): 214105, 2006 Jun 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16774396
18.
Higher-order response in O(N) by perturbed projection.
J Chem Phys
; 123(4): 044106, 2005 Jul 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-16095345
19.
Nonorthogonal density-matrix perturbation theory.
J Chem Phys
; 123(4): 044107, 2005 Jul 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-16095346
20.
Linear scaling computation of the Fock matrix. VIII. Periodic boundaries for exact exchange at the Gamma point.
J Chem Phys
; 122(12): 124105, 2005 Mar 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-15836367