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1.
TULIP: A transformer-based unsupervised language model for interacting peptides and T cell receptors that generalizes to unseen epitopes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(24): e2316401121, 2024 Jun 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38838016
2.
Towards parsimonious generative modeling of RNA families.
Nucleic Acids Res
; 52(10): 5465-5477, 2024 Jun 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38661206
3.
Epistatic models predict mutable sites in SARS-CoV-2 proteins and epitopes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(4)2022 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35022216
4.
Generating interacting protein sequences using domain-to-domain translation.
Bioinformatics
; 39(7)2023 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37399105
5.
Combining phylogeny and coevolution improves the inference of interaction partners among paralogous proteins.
PLoS Comput Biol
; 19(3): e1011010, 2023 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36996234
6.
Modeling Sequence-Space Exploration and Emergence of Epistatic Signals in Protein Evolution.
Mol Biol Evol
; 39(1)2022 01 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34751386
7.
Structure and Function of a Dehydrating Condensation Domain in Nonribosomal Peptide Biosynthesis.
J Am Chem Soc
; 144(31): 14057-14070, 2022 08 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35895935
8.
On the effect of phylogenetic correlations in coevolution-based contact prediction in proteins.
PLoS Comput Biol
; 17(5): e1008957, 2021 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34029316
9.
adabmDCA: adaptive Boltzmann machine learning for biological sequences.
BMC Bioinformatics
; 22(1): 528, 2021 Oct 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34715775
10.
FilterDCA: Interpretable supervised contact prediction using inter-domain coevolution.
PLoS Comput Biol
; 16(10): e1007621, 2020 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33035205
11.
Phylogenetic correlations can suffice to infer protein partners from sequences.
PLoS Comput Biol
; 15(10): e1007179, 2019 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31609984
12.
A multi-scale coevolutionary approach to predict interactions between protein domains.
PLoS Comput Biol
; 15(10): e1006891, 2019 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31634362
13.
Large-scale identification of coevolution signals across homo-oligomeric protein interfaces by direct coupling analysis.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(13): E2662-E2671, 2017 03 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28289198
14.
Mutator genomes decay, despite sustained fitness gains, in a long-term experiment with bacteria.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(43): E9026-E9035, 2017 Oct 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29073099
15.
How Pairwise Coevolutionary Models Capture the Collective Residue Variability in Proteins?
Mol Biol Evol
; 35(4): 1018-1027, 2018 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29351669
16.
Meet-U: Educating through research immersion.
PLoS Comput Biol
; 14(3): e1005992, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29543809
17.
Simultaneous identification of specifically interacting paralogs and interprotein contacts by direct coupling analysis.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(43): 12186-12191, 2016 10 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27729520
18.
Inverse statistical physics of protein sequences: a key issues review.
Rep Prog Phys
; 81(3): 032601, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29120346
19.
Coevolutionary Landscape Inference and the Context-Dependence of Mutations in Beta-Lactamase TEM-1.
Mol Biol Evol
; 33(1): 268-80, 2016 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26446903
20.
Direct-Coupling Analysis of nucleotide coevolution facilitates RNA secondary and tertiary structure prediction.
Nucleic Acids Res
; 43(21): 10444-55, 2015 Dec 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26420827