Detalles de la búsqueda
1.
PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs.
Nucleic Acids Res
; 51(D1): D1367-D1372, 2023 01 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36300631
2.
Genetic Algorithm-Based Receptor Ligand: A Genetic Algorithm-Guided Generative Model to Boost the Novelty and Drug-Likeness of Molecules in a Sampling Chemical Space.
J Chem Inf Model
; 64(4): 1213-1228, 2024 Feb 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38302422
3.
Accuracy or novelty: what can we gain from target-specific machine-learning-based scoring functions in virtual screening?
Brief Bioinform
; 22(5)2021 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33418562
4.
CovalentInDB: a comprehensive database facilitating the discovery of covalent inhibitors.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D1122-D1129, 2021 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33068433
5.
PROTAC-DB: an online database of PROTACs.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D1381-D1387, 2021 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33010159
6.
Structural view on the role of the TRD loop in regulating DNMT3A activity: a molecular dynamics study.
Phys Chem Chem Phys
; 24(26): 15791-15801, 2022 Jul 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35758413
7.
VAD-MM/GBSA: A Variable Atomic Dielectric MM/GBSA Model for Improved Accuracy in Protein-Ligand Binding Free Energy Calculations.
J Chem Inf Model
; 61(6): 2844-2856, 2021 06 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34014672
8.
HawkDock: a web server to predict and analyze the protein-protein complex based on computational docking and MM/GBSA.
Nucleic Acids Res
; 47(W1): W322-W330, 2019 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31106357
9.
Development and Evaluation of MM/GBSA Based on a Variable Dielectric GB Model for Predicting Protein-Ligand Binding Affinities.
J Chem Inf Model
; 60(11): 5353-5365, 2020 11 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32175734
10.
Assessing the performance of MM/PBSA and MM/GBSA methods. 9. Prediction reliability of binding affinities and binding poses for protein-peptide complexes.
Phys Chem Chem Phys
; 21(19): 10135-10145, 2019 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31062799
11.
Assessing the performance of the MM/PBSA and MM/GBSA methods. 10. Impacts of enhanced sampling and variable dielectric model on protein-protein Interactions.
Phys Chem Chem Phys
; 21(35): 18958-18969, 2019 Sep 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31453590
12.
RediscMol: Benchmarking Molecular Generation Models in Biological Properties.
J Med Chem
; 67(2): 1533-1543, 2024 Jan 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38181194
13.
Rational design of supramolecular self-assembly sensor for living cell imaging of HDAC1 and its application in high-throughput screening.
Biosens Bioelectron
; 242: 115716, 2023 Dec 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37820557
14.
Learning on topological surface and geometric structure for 3D molecular generation.
Nat Comput Sci
; 3(10): 849-859, 2023 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38177756
15.
RELATION: A Deep Generative Model for Structure-Based De Novo Drug Design.
J Med Chem
; 65(13): 9478-9492, 2022 07 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35713420
16.
ReMODE: a deep learning-based web server for target-specific drug design.
J Cheminform
; 14(1): 84, 2022 Dec 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36510307
17.
Deep learning approaches for de novo drug design: An overview.
Curr Opin Struct Biol
; 72: 135-144, 2022 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34823138
18.
Integrative Modeling of PROTAC-Mediated Ternary Complexes.
J Med Chem
; 64(21): 16271-16281, 2021 11 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34709816
19.
ASFP (Artificial Intelligence based Scoring Function Platform): a web server for the development of customized scoring functions.
J Cheminform
; 13(1): 6, 2021 Feb 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33541407
20.
Comprehensive Evaluation of Fourteen Docking Programs on Protein-Peptide Complexes.
J Chem Theory Comput
; 16(6): 3959-3969, 2020 Jun 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32324992