Detalles de la búsqueda
1.
Alchemical free energy simulations without speed limits. A generic framework to calculate free energy differences independent of the underlying molecular dynamics program.
J Comput Chem
; 43(17): 1151-1160, 2022 06 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35485139
2.
Synthesis and dopamine receptor binding of dihydrexidine and SKF 38393 catecholamine-based analogues.
Amino Acids
; 54(1): 85-98, 2022 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34842969
3.
Improved Lipophilicity and Aqueous Solubility Prediction with Composite Graph Neural Networks.
Molecules
; 26(20)2021 Oct 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34684766
4.
SAR-Guided Scoring Function and Mutational Validation Reveal the Binding Mode of CGS-8216 at the α1+/γ2- Benzodiazepine Site.
J Chem Inf Model
; 58(8): 1682-1696, 2018 08 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30028134
5.
Discovery of Potent Inhibitors for the Large Neutral Amino Acid Transporter 1 (LAT1) by Structure-Based Methods.
Int J Mol Sci
; 20(1)2018 Dec 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30577601
6.
Common Hits Approach: Combining Pharmacophore Modeling and Molecular Dynamics Simulations.
J Chem Inf Model
; 57(2): 365-385, 2017 02 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28072524
7.
Evaluating the stability of pharmacophore features using molecular dynamics simulations.
Biochem Biophys Res Commun
; 470(3): 685-689, 2016 Feb 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26785387
8.
Reweighting from Molecular Mechanics Force Fields to the ANI-2x Neural Network Potential.
J Chem Theory Comput
; 20(7): 2719-2728, 2024 Apr 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38527958
9.
Protex-A Python utility for proton exchange in molecular dynamics simulations.
Front Chem
; 11: 1140896, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36874061
10.
Calculations of Absolute Solvation Free Energies with TransformatoâApplication to the FreeSolv Database Using the CGenFF Force Field.
J Chem Theory Comput
; 19(17): 5988-5998, 2023 Sep 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37616333
11.
Improving Small Molecule pK a Prediction Using Transfer Learning With Graph Neural Networks.
Front Chem
; 10: 866585, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35721000
12.
Relative binding free energy calculations with transformato: A molecular dynamics engine-independent tool.
Front Mol Biosci
; 9: 954638, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36148009
13.
POLθ processes ssDNA gaps and promotes replication fork progression in BRCA1-deficient cells.
Cell Rep
; 41(9): 111716, 2022 11 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36400033
14.
Fitting quantum machine learning potentials to experimental free energy data: predicting tautomer ratios in solution.
Chem Sci
; 12(34): 11364-11381, 2021 Sep 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34567495
15.
Dummy Atoms in Alchemical Free Energy Calculations.
J Chem Theory Comput
; 17(7): 4403-4419, 2021 Jul 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34125525
16.
Structure-Activity Relationships of Novel Thiazole-Based Modafinil Analogues Acting at Monoamine Transporters.
J Med Chem
; 63(1): 391-417, 2020 01 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31841637
17.
Computational Identification of Novel Kir6 Channel Inhibitors.
Front Pharmacol
; 10: 549, 2019.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31178728
18.
The Use of Dynamic Pharmacophore in Computer-Aided Hit Discovery: A Case Study.
Methods Mol Biol
; 1824: 317-333, 2018.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30039416
19.
A daily single dose of a novel modafinil analogue CE-123 improves memory acquisition and memory retrieval.
Behav Brain Res
; 343: 83-94, 2018 05 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29410048
20.
A Molecular Dynamics-Shared Pharmacophore Approach to Boost Early-Enrichment Virtual Screening: A Case Study on Peroxisome Proliferator-Activated Receptorâ α.
ChemMedChem
; 12(16): 1399-1407, 2017 08 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28135036