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1.
RNA Polymerase II Regulates Topoisomerase 1 Activity to Favor Efficient Transcription.
Cell
; 165(2): 357-71, 2016 Apr 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27058666
2.
Global regulation of promoter melting in naive lymphocytes.
Cell
; 153(5): 988-99, 2013 May 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23706737
3.
Detecting presence of mutational signatures in cancer with confidence.
Bioinformatics
; 34(2): 330-337, 2018 Jan 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29028923
4.
BeWith: A Between-Within method to discover relationships between cancer modules via integrated analysis of mutual exclusivity, co-occurrence and functional interactions.
PLoS Comput Biol
; 13(10): e1005695, 2017 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29023534
5.
Ups and Downs of Poised RNA Polymerase II in B-Cells.
PLoS Comput Biol
; 12(4): e1004821, 2016 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27078128
6.
Potential non-B DNA regions in the human genome are associated with higher rates of nucleotide mutation and expression variation.
Nucleic Acids Res
; 42(20): 12367-79, 2014 Nov 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25336616
7.
The genome-wide distribution of non-B DNA motifs is shaped by operon structure and suggests the transcriptional importance of non-B DNA structures in Escherichia coli.
Nucleic Acids Res
; 41(12): 5965-77, 2013 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23620297
8.
DNA break mapping reveals topoisomerase II activity genome-wide.
Int J Mol Sci
; 15(7): 13111-22, 2014 Jul 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25056547
9.
Teasing apart translational and transcriptional components of stochastic variations in eukaryotic gene expression.
PLoS Comput Biol
; 8(8): e1002644, 2012.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22956896
10.
Detection of Z-DNA Structures in Supercoiled Genome.
Methods Mol Biol
; 2651: 179-193, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36892768
11.
Influence network model uncovers relations between biological processes and mutational signatures.
Genome Med
; 15(1): 15, 2023 03 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36879282
12.
Mutational Signatures as Sensors of Environmental Exposures: Analysis of Smoking-Induced Lung Tissue Remodeling.
Biomolecules
; 12(10)2022 09 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36291592
13.
RepairSig: Deconvolution of DNA damage and repair contributions to the mutational landscape of cancer.
Cell Syst
; 12(10): 994-1003.e4, 2021 10 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34375586
14.
Mutational Signatures: From Methods to Mechanisms.
Annu Rev Biomed Data Sci
; 4: 189-206, 2021 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34465178
15.
DNA Repair Footprint Uncovers Contribution of DNA Repair Mechanism to Mutational Signatures.
Pac Symp Biocomput
; 25: 262-273, 2020.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31797602
16.
Identifying Drug Sensitivity Subnetworks with NETPHIX.
iScience
; 23(10): 101619, 2020 Oct 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33089107
17.
A Sticky Multinomial Mixture Model of Strand-Coordinated Mutational Processes in Cancer.
iScience
; 23(3): 100900, 2020 Mar 27.
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| MEDLINE | ID: mdl-32088392
18.
Network-based approaches elucidate differences within APOBEC and clock-like signatures in breast cancer.
Genome Med
; 12(1): 52, 2020 05 29.
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| MEDLINE | ID: mdl-32471470
19.
In Vivo Chemical Probing for G-Quadruplex Formation.
Methods Mol Biol
; 2035: 369-382, 2019.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31444763
20.
Hidden Markov models lead to higher resolution maps of mutation signature activity in cancer.
Genome Med
; 11(1): 49, 2019 07 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31349863