Detalles de la búsqueda
1.
Multicenter integrated analysis of noncoding CRISPRi screens.
Nat Methods
; 21(4): 723-734, 2024 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38504114
2.
Capturing cell type-specific chromatin compartment patterns by applying topic modeling to single-cell Hi-C data.
PLoS Comput Biol
; 16(9): e1008173, 2020 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32946435
3.
HiCRep: assessing the reproducibility of Hi-C data using a stratum-adjusted correlation coefficient.
Genome Res
; 27(11): 1939-1949, 2017 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28855260
4.
Unsupervised embedding of single-cell Hi-C data.
Bioinformatics
; 34(13): i96-i104, 2018 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29950005
5.
GenomeDISCO: a concordance score for chromosome conformation capture experiments using random walks on contact map graphs.
Bioinformatics
; 34(16): 2701-2707, 2018 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29554289
6.
HiC-spector: a matrix library for spectral and reproducibility analysis of Hi-C contact maps.
Bioinformatics
; 33(14): 2199-2201, 2017 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28369339
7.
Explicit DNase sequence bias modeling enables high-resolution transcription factor footprint detection.
Nucleic Acids Res
; 42(19): 11865-78, 2014 Oct 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25294828
8.
Predicting cell-type-specific gene expression from regions of open chromatin.
Genome Res
; 22(9): 1711-22, 2012 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22955983
9.
Statistical evaluation of the Rodin-Ohno hypothesis: sense/antisense coding of ancestral class I and II aminoacyl-tRNA synthetases.
Mol Biol Evol
; 30(7): 1588-604, 2013 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23576570
10.
Predictive model of 3D domain formation via CTCF-mediated extrusion.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(47): 14404-5, 2015 Nov 24.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26567152
11.
Massively parallel characterization of transcriptional regulatory elements in three diverse human cell types.
bioRxiv
; 2023 Mar 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36945371
12.
Accessible high-throughput single-cell whole-genome sequencing with paired chromatin accessibility.
Cell Rep Methods
; 3(11): 100625, 2023 Nov 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37918402
13.
Micelle-Formulated Juglone Effectively Targets Pancreatic Cancer and Remodels the Tumor Microenvironment.
Pharmaceutics
; 15(12)2023 Nov 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38139993
14.
GoPeaks: histone modification peak calling for CUT&Tag.
Genome Biol
; 23(1): 144, 2022 07 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35788238
15.
High-content single-cell combinatorial indexing.
Nat Biotechnol
; 39(12): 1574-1580, 2021 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34226710
16.
Computational methods for analyzing and modeling genome structure and organization.
Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med
; 11(1): e1435, 2019 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30022617
17.
Measuring the reproducibility and quality of Hi-C data.
Genome Biol
; 20(1): 57, 2019 03 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30890172
18.
Integrative detection and analysis of structural variation in cancer genomes.
Nat Genet
; 50(10): 1388-1398, 2018 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30202056
19.
Software tools for visualizing Hi-C data.
Genome Biol
; 18(1): 26, 2017 02 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28159004
20.
Transcriptional control of tissue formation throughout root development.
Science
; 350(6259): 426-30, 2015 Oct 23.
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| MEDLINE | ID: mdl-26494755