Detalles de la búsqueda
1.
Absolute Protein Binding Free Energy Simulations for Ligands with Multiple Poses, a Thermodynamic Path That Avoids Exhaustive Enumeration of the Poses.
J Comput Chem
; 41(1): 56-68, 2020 01 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31621932
2.
Comparing alchemical and physical pathway methods for computing the absolute binding free energy of charged ligands.
Phys Chem Chem Phys
; 20(25): 17081-17092, 2018 Jun 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29896599
3.
Locally weighted histogram analysis and stochastic solution for large-scale multi-state free energy estimation.
J Chem Phys
; 144(3): 034107, 2016 Jan 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26801020
4.
Chaperone activation by unfolding.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 110(14): E1254-62, 2013 Apr 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23487787
5.
Large-scale asynchronous and distributed multidimensional replica exchange molecular simulations and efficiency analysis.
J Comput Chem
; 36(23): 1772-85, 2015 Sep 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26149645
6.
Is the Functional Response of a Receptor Determined by the Thermodynamics of Ligand Binding?
J Chem Theory Comput
; 19(22): 8414-8422, 2023 Nov 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37943175
7.
Probing pH-dependent dissociation of HdeA dimers.
J Am Chem Soc
; 133(48): 19393-8, 2011 Dec 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22026371
8.
Protein Loop Conformational Free Energy Changes via an Alchemical Path without Reaction Coordinates.
J Phys Chem Lett
; 12(18): 4368-4377, 2021 May 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33938761
9.
Steady-state simulations using weighted ensemble path sampling.
J Chem Phys
; 133(1): 014110, 2010 Jul 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20614962
10.
The "weighted ensemble" path sampling method is statistically exact for a broad class of stochastic processes and binning procedures.
J Chem Phys
; 132(5): 054107, 2010 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20136305
11.
Efficient and verified simulation of a path ensemble for conformational change in a united-residue model of calmodulin.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 104(46): 18043-8, 2007 Nov 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17984047
12.
Solvation Thermodynamics from the Perspective of Endpoints DFT.
J Phys Chem B
; 124(52): 11771-11782, 2020 12 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33306906
13.
Cavity Particle in Aqueous Solution with a Hydrophobic Solute: Structure, Energetics, and Functionals.
J Phys Chem B
; 124(25): 5220-5237, 2020 06 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32469519
14.
Ligand Binding Thermodynamic Cycles: Hysteresis, the Locally Weighted Histogram Analysis Method, and the Overlapping States Matrix.
J Chem Theory Comput
; 16(1): 67-79, 2020 Jan 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31743019
15.
The UWHAM and SWHAM Software Package.
Sci Rep
; 9(1): 2803, 2019 02 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30808938
16.
Spatially-Decomposed Free Energy of Solvation Based on the Endpoint Density-Functional Method.
J Chem Theory Comput
; 15(5): 2896-2912, 2019 May 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30990682
17.
The Role of Interfacial Water in Protein-Ligand Binding: Insights from the Indirect Solvent Mediated Potential of Mean Force.
J Chem Theory Comput
; 14(2): 512-526, 2018 Feb 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29262255
18.
The Excess Chemical Potential of Water at the Interface with a Protein from End Point Simulations.
J Phys Chem B
; 122(17): 4700-4707, 2018 05 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29634902
19.
Conformational Free Energy Changes via an Alchemical Path without Reaction Coordinates.
J Phys Chem Lett
; 9(15): 4428-4435, 2018 Aug 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30024165
20.
Stratified UWHAM and Its Stochastic Approximation for Multicanonical Simulations Which Are Far from Equilibrium.
J Chem Theory Comput
; 13(10): 4660-4674, 2017 Oct 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28902500