Detalles de la búsqueda
1.
OKseqHMM: a genome-wide replication fork directionality analysis toolkit.
Nucleic Acids Res
; 51(4): e22, 2023 02 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36629249
2.
Systematic comparison of small RNA library preparation protocols for next-generation sequencing.
BMC Genomics
; 19(1): 118, 2018 02 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29402217
3.
In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1-dependent transcription termination.
EMBO J
; 31(19): 3935-48, 2012 Oct 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23032188
4.
Widespread bidirectional promoters are the major source of cryptic transcripts in yeast.
Nature
; 457(7232): 1038-42, 2009 Feb 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19169244
5.
CIRCUS: a package for Circos display of structural genome variations from paired-end and mate-pair sequencing data.
BMC Bioinformatics
; 15: 198, 2014 Jun 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24938393
6.
Megabase replication domains along the human genome: relation to chromatin structure and genome organisation.
Subcell Biochem
; 61: 57-80, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23150246
7.
A novel strategy of transcription regulation by intragenic nucleosome ordering.
Genome Res
; 20(1): 59-67, 2010 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19858362
8.
Impact of replication timing on non-CpG and CpG substitution rates in mammalian genomes.
Genome Res
; 20(4): 447-57, 2010 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20103589
9.
Replication fork polarity gradients revealed by megabase-sized U-shaped replication timing domains in human cell lines.
PLoS Comput Biol
; 8(4): e1002443, 2012.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22496629
10.
Genome-wide measurement of DNA replication fork directionality and quantification of DNA replication initiation and termination with Okazaki fragment sequencing.
Nat Protoc
; 18(4): 1260-1295, 2023 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36653528
11.
Replication-associated mutational asymmetry in the human genome.
Mol Biol Evol
; 28(8): 2327-37, 2011 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21368316
12.
Evidence for sequential and increasing activation of replication origins along replication timing gradients in the human genome.
PLoS Comput Biol
; 7(12): e1002322, 2011 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22219720
13.
Evolution of Hox gene clusters in gnathostomes: insights from a survey of a shark (Scyliorhinus canicula) transcriptome.
Mol Biol Evol
; 27(12): 2829-38, 2010 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20616144
14.
Open chromatin encoded in DNA sequence is the signature of 'master' replication origins in human cells.
Nucleic Acids Res
; 37(18): 6064-75, 2009 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19671527
15.
DNA physical properties determine nucleosome occupancy from yeast to fly.
Nucleic Acids Res
; 36(11): 3746-56, 2008 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18487627
16.
Complete Sequence of the Intronless Mitochondrial Genome of the Saccharomyces cerevisiae Strain CW252.
Genome Announc
; 6(17)2018 Apr 26.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29700138
17.
Transcription-coupled and splicing-coupled strand asymmetries in eukaryotic genomes.
Nucleic Acids Res
; 32(17): 4969-78, 2004.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-15388799
18.
Replication landscape of the human genome.
Nat Commun
; 7: 10208, 2016 Jan 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26751768
19.
Long-range correlations between DNA bending sites: relation to the structure and dynamics of nucleosomes.
J Mol Biol
; 316(4): 903-18, 2002 Mar 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-11884131
20.
Multiscale analysis of genome-wide replication timing profiles using a wavelet-based signal-processing algorithm.
Nat Protoc
; 8(1): 98-110, 2013 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23237832