Detalles de la búsqueda
1.
Pandemic-scale phylogenomics reveals the SARS-CoV-2 recombination landscape.
Nature
; 609(7929): 994-997, 2022 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35952714
2.
Genomic reconstruction of the SARS-CoV-2 epidemic in England.
Nature
; 600(7889): 506-511, 2021 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34649268
3.
Online Phylogenetics with matOptimize Produces Equivalent Trees and is Dramatically More Efficient for Large SARS-CoV-2 Phylogenies than de novo and Maximum-Likelihood Implementations.
Syst Biol
; 72(5): 1039-1051, 2023 11 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37232476
4.
Accounting for spatial sampling patterns in Bayesian phylogeography.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(52)2021 12 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34930835
5.
Short-range template switching in great ape genomes explored using pair hidden Markov models.
PLoS Genet
; 17(3): e1009221, 2021 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33651813
6.
phastSim: Efficient simulation of sequence evolution for pandemic-scale datasets.
PLoS Comput Biol
; 18(4): e1010056, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35486906
7.
VGsim: Scalable viral genealogy simulator for global pandemic.
PLoS Comput Biol
; 18(8): e1010409, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36001646
8.
Publisher Correction: Genomic reconstruction of the SARS CoV-2 epidemic in England.
Nature
; 606(7915): E18, 2022 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35701578
9.
Stability of SARS-CoV-2 phylogenies.
PLoS Genet
; 16(11): e1009175, 2020 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33206635
10.
A Daily-Updated Database and Tools for Comprehensive SARS-CoV-2 Mutation-Annotated Trees.
Mol Biol Evol
; 38(12): 5819-5824, 2021 12 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34469548
11.
The Cumulative Indel Model: Fast and Accurate Statistical Evolutionary Alignment.
Syst Biol
; 70(2): 236-257, 2021 02 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32653921
12.
Sampling bias and model choice in continuous phylogeography: Getting lost on a random walk.
PLoS Comput Biol
; 17(1): e1008561, 2021 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33406072
13.
Want to track pandemic variants faster? Fix the bioinformatics bottleneck.
Nature
; 591(7848): 30-33, 2021 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33649511
14.
A phylogenetic approach for weighting genetic sequences.
BMC Bioinformatics
; 22(1): 285, 2021 May 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34049487
15.
Genetic Variability of the SARS-CoV-2 Pocketome.
J Proteome Res
; 20(8): 4212-4215, 2021 08 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34180678
16.
BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis.
PLoS Comput Biol
; 15(4): e1006650, 2019 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30958812
17.
Bayesian reconstruction of transmission within outbreaks using genomic variants.
PLoS Comput Biol
; 14(4): e1006117, 2018 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29668677
18.
Two Distinct Patterns of Clostridium difficile Diversity Across Europe Indicating Contrasting Routes of Spread.
Clin Infect Dis
; 67(7): 1035-1044, 2018 09 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29659747
19.
Pneumococcal Capsule Synthesis Locus cps as Evolutionary Hotspot with Potential to Generate Novel Serotypes by Recombination.
Mol Biol Evol
; 34(10): 2537-2554, 2017 10 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28595308
20.
New Routes to Phylogeography: A Bayesian Structured Coalescent Approximation.
PLoS Genet
; 11(8): e1005421, 2015 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26267488